Переговоры с греками дают наглядное представление о распределении ролей между двумя главными правителями русского государства. В то время как Борис Годунов предпочитал уговоры и убеждения и употреблял все свое красноречие, Андрей Щелкалов действовал без всяких церемоний. Его угрозы произвели на греков, по-видимому, более сильное впечатление, чем красноречие Годунова. Тем не менее честь благополучного завершения переговоров с греками выпала на долю Годунова.

Борис не мог допустить срыва переговоров, получивших широкую огласку, и постарался закончить дело как можно скорее. Боярская дума вторично собралась в царских палатах и окончательно отклонила просьбу Иеремии о «поставлении его патриархом на Москве». Решено было еще раз держать совет с Иеремией о возведении в сан патриарха Иова. Бояре распорядились взять у Иеремии «чин» поставления патриархов и учредить новые митрополичьи, архиепископские и епископские кафедры в тех городах, где будет «пригоже». Решение о преобразовании московской церковной иерархии было принято еще до того, как дума получила формальное на то согласие патриарха.

13 января 1589 года Годунов и Щелкалов уведомили Иеремию обо всех предпринятых ими шагах. Беседа была продолжительной. Как повествует официальный отчет, «патриарх Иеремия говорил о том и советовал много с боярином, с Борисом Федоровичем Годуновым…» Под конец патриарх уступил по всем пунктам, выставив единственное условие, чтобы его самого «государь благочестивый царь пожаловал и отпустил». Греки капитулировали ради того, чтобы вырваться из московского плена. «В конце концов, — повествует Дорофей, — хотя и не по доброй воле, Иеремия рукоположил патриарха России».

Архиепископ Арсений старался представить дело так, будто в переговорах с Иеремией с самого начала деятельно участвовало московское духовенство. Священный собор будто бы дважды обращался к патриарху, и тот впервые заявил о своем согласии двум епископам — посланцам собора. Источники опровергают эту благочестивую легенду. Правитель созвал духовенство лишь на четвертый день после завершения переговоров.

Борис Годунов не считал нужным советоваться с «государевыми богомольцами» по поводу выбора кандидата на патриарший престол. Этот вопрос был предрешен с самого начала, и «отцам церкви» оставалось лишь выразить согласие с волей правителя. Иеремия представил властям подробную опись церемониала поставления патриарха. Следуя ему, царь и священный собор сначала должны были выбрать «втаи» трех кандидатов в патриархи, после чего царю надлежало утвердить на высокий пост одного из них. Такой порядок выборов главы церкви показался московским властям неудобным. Но по настоянию Иеремии они в конце концов согласились провести «тайные» выборы. Вся процедура свелась к чистой формальности. Власти расписали сценарий избирательного собора до мельчайших деталей, включая «тайну» выборов. В соответствии с этим сценарием Иеремия должен был провести «тайное» совещание с московскими епископами, после чего «избрати трех: митрополита Иова всеа Руси, архиепископа Александра Новгородского, архиепископа Ростовского Варлаама».