Москва была занята повстанцами. Караулы в воротах несли вольные казаки и ратные люди из мятежных гарнизонов Северской земли. Водворившись в Кремле, Отрепьев поспешил сменить церковное руководство. Связанный обязательством о введении в России католической веры и не доверяя русским иерархам, самозванец решил поставить во главе церкви грека Игнатия. Игнатий прибыл на Русь с Кипра и по милости Бориса стал архиепископом в Рязани. Когда после мятежа под Кромами П. Ляпунов с прочими рязанскими дворянами вернулись домой и «смутили» Рязань, Игнатий первым из церковных иерархов предал Годуновых и признал путивльского «вора». В награду за это Лжедмитрий сделал его патриархом.

На другой день после переезда во дворец самозванец велел собрать священный собор, чтобы объявить о переменах в церковном руководстве. Собравшись в Успенском соборе, сподвижники и ученики Иова постановили: «Пусть будет снова патриархом святейший патриарх господин Иов». Восстановление Иова в сане патриарха понадобилось собору для того, чтобы придать процедуре вид законности. Следуя воле Отрепьева, «отцы церкви» постановили далее отставить от патриаршества Иова, потому что он великий старец и слепец и не в силах пасти многочисленную паству, а на его место избрать Игнатия. Участник собора грек Арсений подчеркивал, что Игнатий был избран законно и единогласно. Никто из иерархов не осмелился протестовать против произвола нового царя.

И Лжедмитрий I, и последующие самозванцы пришли к власти на гребне народных движений. Но никто из них не стал народным вождем. Правление Отрепьева не принесло народу перемен к лучшему. Подати оставались такими же обременительными, как и прежде. Тихий Дон на время успокоился, но замутился далекий Терек. Обманутые в своих надеждах казаки и беглый люд объявили молодого казака Илейку Коровина царевичем Петром — сыном Федора Ивановича — и двинулись с ним на Москву добывать правду. В Поволжье под знамена Петра собралось несколько тысяч восставших. Лжедмитрий не жалел казны, чтобы привлечь на свою сторону знать и служилых людей. Он понимал, что сможет удержаться на троне только при поддержке дворян. По приказу самозванца дьяки раздали служилым людям все наличные деньги — до пятисот тысяч рублей. Истощив казну, власти стали изымать денежные средства у церкви.

Православные святители не забыли, как предавали анафеме злого расстригу и еретика. Увидев самозванца вблизи, они не избавились от старых подозрений. Лжедмитрий I не решился оставить подле себя никого из своих друзей-католиков. Зато его ближними советниками стали протестанты братья Бучинские. Иезуитам царь предоставил обширное помещение для богослужения, а кроме того, он время от времени тайно приглашал их к себе на совещания в Кремль. Окруженный всеми атрибутами призрачного могущества, царь горько жаловался им на свое одиночество.

До поры до времени церковники прощали самозванцу его подозрительные связи с католиками и протестантами. Но они окончательно прониклись недоверием к царю, когда тот решил поправить свои финансовые дела за счет церкви. У Иосифо-Волоколамского монастыря он взял 3 тысячи рублей, у Кирилло-Белозерского — 5 тысяч. С мелких монастырей, которых было великое множество, трудно было получить такие суммы. Зато из казны крупнейшего в стране Троице-Сергиева монастыря Лжедмитрий заимствовал сразу 30 тысяч рублей. Духовенство опасалось, что такого рода займы были лишь началом. В самом деле, в кругу польских советников-протестантов Отрепьев охотно обсуждал проекты частичной секуляризации доходов церкви и обращения их на нужды казны и дворянства. Подобного рода меры, без сомнения, нашли бы поддержку среди скудеющего дворянства, с жадностью взиравшего на несметные богатства монастырей.

Помолвка царя с Мариной Мнишек подлила масла в огонь. Фанатики честили царскую невесту как еретичку и язычницу.