Основу афганского государства всегда составляло коренное население — пуштуны (афганцы). Правящие круги страны проводили политику доминирующей их роли во всех областях жизни страны. Пуштуны имели различные привилегии и преимущества. Непуштунское население испытывало двойной гнет: со стороны своих помещиков и со стороны пропуштунской центральной власти.

Традиционно мелкие народности и национальности являлись объектом дискриминационной политики как в экономической, так и в социально-политической и культурной областях, которую осуществляли по отношению к ним правящие круги. На протяжении длительного времени проводилась политика насильственной пуштунизации районов, населенных национальными меньшинствами, насаждался и подогревался пуштунский шовинизм.

После революции НДПА был провозглашен принцип демократического решения национального вопроса, подчеркивалось стремление установить полное равенство всех национальностей и народностей Афганистана, покончить с угнетением национальных меньшинств. Однако на практике пуштуны не собирались сдавать своих позиций. Они по-прежнему занимали доминирующее положение во всех эшелонах.

Огромный ущерб в этом вопросе был нанесен X. Амином, который, являясь ярым пуштунским национал-шовинистом, ужесточил линию на пуштунизацию районов расселения национальных меньшинств и проводил ее насильственными методами.

Важное место в практической деятельности НДПА занимали проблемы религии. Афганистан — это мусульманская страна, и ислам, имеющий глубокие и прочные корни в афганском обществе, в течение длительного этапа исторического развития в значительной степени формировал и определял всю духовную жизнь и социальную психологию подавляющего большинства населения страны, оказывал непосредственное влияние на государственно-правовые институты и общественно-политическую жизнь афганского народа. Удельный вес духовенства среди населения был весьма велик.

«Служителей исламского культа насчитывалось около 300 тыс. (2 % населения), число действующих мечетей и святых мест превышало 40 тыс. Характерной особенностью Афганистана является то, что в стране отсутствует верховный религиозный глава. Все муллы никому не подчиняются. Существующие советы улемов в провинциях и центре дают только толкование Корана и выдают различные рекомендации, которые не имеют обязательной силы. Каждый десятый афганец совершил паломничество в Мекку или Медину, Неджеф. В стране в религиозных учебных заведениях постоянно обучалось около 20 тыс. афганцев. Изучение ислама являлось обязательным во всех школах страны».

В апреле 1978 года было провозглашено, что революция в Афганистане совершена во имя «защиты принципов ислама и демократии», патриотическое духовенство призывалось к сотрудничеству с новой властью. В практическом же плане были предприняты шаги по усилению контроля за деятельностью духовенства и содержанием проповедей. Кроме того, допускались ошибки и перегибы (особенно при Амине) при решении религиозных вопросов: допускались критика ислама, осквернение святых мест. Не согласные с мерами правительства муллы причислялись к врагам революции, многих из них подвергали репрессиям.

НДПА подходила к исламу как к анахронизму, способному отражать интересы исключительно эксплуататорских классов, особенно феодально-клерикальных кругов, не учитывая, что ислам был мировоззрением большинства населения.

В частности, не проведя необходимой подготовительной работы, партия объявила врагом номер один «Братьев-мусульман». Не приняв должных мер по разоблачению в глазах народа исламских авторитетов, выступивших против правительства, режим стал проводить в отношении их жесткие репрессивные меры.