Стоглавый собор ранее постановил совершать двуперстное крестное знамение, а не троеперстное. Устанавливалось направление крестного хода посолонь (по ходу Солнца), а не противу Солнца. Кроме того, предписывалось совершать двоекратную аллилуйю, а не трехкратную. Никон же отменил эти решения и предписывал «два» заменить на «три». Но церковники отказывались исполнять указания Никона. Их стати называть старообрядцами. Никон их преследовал за непокорность. Сами изменения не стоили тех преследований, которым подвергались старообрядцы. Сам Никон говорил о старых и новоисправленных богослужебных книгах: «И те, и другие добры; все равно, по коим хочешь, по тем и служишь». Он говорил это в частной беседе с Иваном Нероновым. А на деле огнем и мечом преследовал старообрядцев. Тех из них, что раскаивались, вновь воссоединяли с церковью и разрешали совершать обряды по-старому. Главное было в том, чтобы показать власть, продемонстрировать, что ослушиваться духовных авторитетов нельзя.

Масштабы преследований были огромны. Против нововведений выступили не только многие представители городского духовенства, но и князья. Наиболее известен из них Аввакум. Старообрядцев ссылали по отдельным монастырям, урезывали языки и избивали кнутами. Это делали с верующими людьми, которые желали, как это и было предписано собором ранее, креститься двумя, а не тремя пальцами. Кровь и страдания лились по всей необъятной Руси. За что? За что по всей стране ловили людей, пытали, били, снимали головы, сжигали? Сам Аввакум, вместе с другими защитниками старой веры, был расстрижен и отправлен в Пустозерский острог. Здесь, в сырой яме, в холоде и голоде, он должен был находиться до смерти. У многих из сосланных вырвали языки. Аввакум правильно вопрошал: «Огнем, да кнутом, да виселецею хотят веру утвердить! Какие апостолы научили так? Не знаю. Мой Христос не приказал нашим апостолам так учить». В 1682 году Аввакум был сожжен живьем в Пустозерске. Опорой старообрядцев стал Соловецкий монастырь, где отказались руководствоваться новыми богослужебными книгами. Для подавления бунта были посланы войска, которые держали монастырь в осаде в продолжение восьми лет.

В 1675 году начались акты самосожжения старообрядцев. Добровольно в огне погибло не менее двадцати тысяч человек. Эти самосожжения продолжались в течение восемнадцатого столетия. Прекратились они только при Екатерине II.

Петр I относился к духовенству очень реалистически, без трепета и коленопреклонения. Но на веру он руку поднимать не разрешал. Известен такой факт. Когда В.Н. Татищев иронически отозвался о некоторых книгах Библии, Петр вызвал его к себе и задал ему трепку своей знаменитой дубинкой. При этом Петр причитал: «Как же ты осмеливаешься ослаблять такую струну, которая составляет гармонию всего тона?.. Я тебя научу, как должно почитать священное и не разрывать цепи, все в устройстве содержащей… не на тот конец старался я тебя выучить, чтобы ты был врагом общества и церкви».

Петр I восстановил Монастырский приказ по управлению всеми церковными и монастырскими имуществами. Это управление переходило к государству. Затем он упразднил патриаршество и ввел новый порядок управления церковью, подобную протестантской. Церковь стала управляться Духовным коллегиумом. Так патриаршество было упразднено и государство стало управлять церковью. В последующем Петром I во главе церкви был поставлен «святейший правительственный синод». Он состоял из нескольких высших церковных иерархов. Они находились в подчинении светского чиновника, который назывался обер-прокурором. В указе Петра I предписывалось: «В синод выбрать из офицеров доброго человека, кто бы имел смелость и мог управление синодского дела знать, и быть ему обер-прокурором…» Часть монастырей Петр предписал превратить в богодельни для престарелых и отставных солдат.