Изолированные от внешнего мира греки не могли понять мотивов Годунова и предугадать его поведение. Между тем события развивались стремительно. После полугодового перерыва в статейном списке Посольского приказа появилась запись, что царь Федор Иоаннович, посоветовавшись с супругой и поговоря с боярами, объявил о необходимости учреждения в России патриаршества, но так, чтобы константинопольский патриарх Иеремия не стал патриархом Московским!

«И мы о том, прося у Бога милости, помыслили, — говорилось от царского имени, — чтобы в нашем государстве учинити патриарха, кого Господь Бог благоволит: буде похочет быти в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия — и ему быти патриархом в начальном месте Владимире, а на Москве митрополиту по-прежнему; а не похочет цареградский патриарх быти во Владимире — ино бы на Москве учинити патриарха из московскаго собору, кого Господь Бог благоволит».

Далее в статейном списке отмечено, что об учреждении патриаршего престола в Москве Борис Годунов говорил еще с патриархом Иоакимом, причем говорил «тайно». Сейчас же Годунову поручено «тайно» переговорить с Иеремией. И потому в статейном списке речи Годунова к патриарху нет.

Зато она передана в историко-публицистическом сказании, составленном явно не без участия Бориса Федоровича. Годунов подчеркивал, что грекам было дано задание решить вопрос о патриаршем престоле в России соборно, и предлагал Иеремии «быти на патриаршестве в нашем государстве на престоле Владимирском и всея Великия России». Ответ Иеремии, зафиксированный и в статейном списке, и в сказании, свидетельствовал о том, что он очень хотел стать патриархом на Руси; он даже принял довод Годунова, что султан все равно уже разорил Константинопольское патриаршество. От имени Иеремии было записано, что он якобы советовался с патриархами Сильвестром Александрийским, Нифонтом Иерусалимским и Иоакимом Антиохийским и со всем Освященным Собором: «И советовав приговорили, что пригоже на Российском царстве патриаршеству быти и патриарха учинити». Эта явная ложь могла быть приписана Иеремии московскими властями, тем более что на самом деле патриарха Иерусалимского звали Софроний (1579 — 1608).

Однако то, что Иеремия согласился патриаршествовать в России и отказался ехать во Владимир, известно достоверно. «Мне во Владимире быть невозможно, потому что патриарх при государе всегда», — заявил Иеремия, никогда не состоявший «при государе». Дело в том, что (по воспоминаниям Иерофея Монемвасийского), «предупрежденный некоторыми христианами», Иеремия считал город Владимир страшной дырой, местом ссылки, хуже печально известного ему Кукоса. Поскольку, кроме приставленных Годуновым людей, патриарх ни с кем общаться не мог, очевидно, что именно Годунов не желал перенесения константинопольского престола в Россию.

Годунову нужен был свой патриарх, для собственных целей. Им должен был стать митрополит Иов. Сразу же после ответа Иеремии от царского имени об этом было четко и определенно заявлено боярам:

«Мы помыслили было, чтобы святейшему Иеремии быть в нашем государстве на патриаршестве Владимирском и всея России, а в царствующем граде Москве быть по-прежнему отцу нашему и богомольцу митрополиту Иову. Но святейший Иеремия на владимирском патриаршестве быть не хочет, а соглашается исполнить нашу волю, если позволим ему быть на патриаршестве в Москве, где ныне отец наш митрополит Иов.

И мы помыслили, что то дело не статочное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев Петра, и Алексия, и Ионы, и мужа достохвальнаго жития, святаго и преподобнаго отца нашего и богомольца митрополита Иова изгнать от Пречистыя Богородицы и от великих чудотворцев и учинить греческаго закона патриарха?! А он здешняго обычая и русскаго языка не знает, и ни о каких делах духовных нам нельзя будет советоваться без толмача.