И ныне, — объявлялось царское решение, — еще бы посоветоваться с патриархом о том, чтобы он благословил и поставил на патриаршество Владимирское и Московское из российскаго собора отца нашего и богомольца Иова-митрополита по тому чину, как поставляет патриарха Александрийскаго, Антиохийскаго и Иерусалимскаго.

И чин поставления патриаршескаго у него, Иеремии, взять бы, чтобы впредь поставляться патриархам в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов. А митрополиты бы, и архиепископы, и епископы поставлялись от патриарха в Российском царстве — а для того бы учинить митрополитов и прибавить архиепископов и епископов, в каких городах пригоже».

Для приличия русские источники указывают, что Годунов «многажды» уговаривал Иеремию патриаршествовать во Владимире — но конечно же не уговорил. 13 января 1589 года Годунов со Щелкаловым навестили Иеремию на подворье и объявили, что, по воле царя, хотят «посоветоваться» о поставлении русского патриарха. О том, как выглядел этот «совет», пишет Иерофей Монемвасийский:

«Тогда говорят ему: решение царя то, чтобы ты поставил патриарха. И Иеремия говорил другое, что он не уполномочен епископами и что это было бы беззаконно. Но наконец, и не хотя, рукоположил России патриарха».

Неизвестно, какие «аргументы» привели бывшие подручные Иоанна Грозного, чтобы сломить битого жизнью старенького грека. Иеремия полностью находился в их руках и, кроме того, своим согласием занять московский престол фактически признал, что Россия достойна иметь патриарха. Он был не подготовлен к рукоположению патриарха и по требованию Щелкалова смог представить только кратенький конспект этого действа. Но дьяк не растерялся и нашел подробности церемонии в «чине» поставления русского митрополита; внеся туда небольшие изменения, он вскоре составил для участников мероприятия детальный «чин и устав».

Добившись своего, Годунов желал, чтобы все было организовано самым благопристойным образом. 17 января состоялось заседание царя Федора Иоанновича с Освященным Собором, на котором духовенство во главе с Иовом формально одобрило замысел государя и «положилось на его волю». 19 января царь, митрополит и Освященный Собор приговорили направить делегацию церковных иерархов к патриарху Иеремии для «совета» о предстоящих церемониях.

Много раздумывать духовным лицам не пришлось: Щелкалов представил им готовый и утвержденный царем план мероприятий. В четверг 23 января русские архиереи, за исключением митрополита Иова (оставшегося на своем дворе), должны были собраться в Успенском соборе и направить делегацию за патриархом Иеремией. После торжественной встречи у собора Иеремия со свитой греков занимал отведенное ему место и «тайно» советовался с присутствующими об избрании патриарха, а также двух новых митрополитов — Новгородского и Ростовского.

Затем митрополит Иерофей Монемвасийский, архиепископы Тихон Казанский и Арсений Елассонский, епископы Иов Суздальский, Сильвестр Смоленский, Митрофан Рязанский, Захария Тверской, Иосиф Коломенский и Геласий Крутицкий удалялись в придел Похвалы Богородицы и избирали по три кандидатуры на патриаршество и обе митрополии.

В патриархи, заявил Щелкалов на совещании 19 января, будут рекомендованы митрополит Иов, архиепископ Александр Новгородский и Варлаам Ростовский; на Новгородскую митрополию будут предложены архиепископ Александр Новгородский, архимандриты Киприан Троицкий и Иона Рождественский; на Ростовскую — архиепископ Варлаам Ростовский, архимандриты Сергий Новоспасский и Феодосии Чудовский.

После того как архиереи изберут кандидатов и подпишут соответствующие акты, продолжал инструктаж Щелкалов, документы передаются патриарху Иеремии, который отнесет их к государю Федору Иоанновичу в Золотую палату. Здесь в окружении бояр и всех архиереев царь изберет из предложенных кандидатур патриарха и двух митрополитов.