Нелегко приходилось в то время гомельским чекистам, не имевшим достаточного опыта оперативной работы. Гомель, будучи по сути дела прифронтовым городом, постоянно подвергался нападениям самых разношерстных врагов Советской власти — от белополяков до анархистов. В губернии активно действовали контрреволюционные элементы и иностранные шпионы, по уездам свирепствовали кулацкие банды. Алексеев участвовал, в частности, в раскрытии мятежа на Днепровской военной флотилии, стоявшей тогда в Гомеле. Однако наибольшую опасность в тот период представляла крупная боевая террористическая организация эсера Бориса Савинкова «Союз защиты родины и свободы», отделения которой действовали на территории западных губерний РСФСР. Центр организации — так называемый «Западный областной комитет» — находился как раз в Гомеле. Оттуда нити савинковского заговора тянулись к Москве, Петрограду, Минску и другим крупным городам. Всеми операциями «комитета» Б. Савинков руководил из своей варшавской резиденции.

Савинковцам удалось вовлечь в заговор представителей старой интеллигенции, а также ряд специалистов, занимавших ответственные посты в советских военных учреждениях и воинских частях. В гомельскую группу заговорщиков входили, в частности, руководители губернского и уездного военкоматов, командир учебного батальона, комендант города и некоторые другие военные работники. Из-за границы к ним поступали контрреволюционная литература, оружие и деньги.

Гомельские чекисты во главе с Алексеевым успешно применили метод внедрения в антисоветское подполье своего сотрудника, для которого изготовили документ, свидетельствовавший о принадлежности этого человека к организации. Документ был заверен печатью «комитета», изъятой при негласном задержании одного из его руководителей. Чекистам также удалось захватите нескольких савинковских курьеров.

В результате чекистской операции были арестованы ведущие функционеры «Западного областного комитета», профилактировано свыше 300 рядовых его членов. По своевременной наводке группы Алексеева регулярными частями Красной Армии был наголову разбит сформированный на территории буржуазной Польши и вторгшийся в пределы РСФСР диверсионный отряд под командованием полковника Павловского, действия которого на советской земле отличались особой жестокостью.

В этот период Владимир Алексеев часто встречался в Гомеле с такими видными чекистами, как Сосновский, Пузицкий, Брауде, которые были направлены из Москвы Ф. Э. Дзержинским в помощь Губчека, и учился у них.

Оперативная работа группы Алексеева по ликвидации в Гомеле антисоветского подполья получили высокую оценку Ф. Э. Дзержинского. Невольно высокую оценку проведенной операции дал и сам Савинков, который позже, на судебном процессе над ним в Москве в августе 1924 года заявил, что он возлагал большие надежды на «Западный областной комитет», но ликвидация последнего чекистами «поколебала его веру в возможность свержения советской власти путем заговора».

После разгрома второго савинковского заговора (первый был в Ярославле) Владимир Алексеев, которому только исполнился 21 год, был назначен начальником секретно-оперативной части и заместителем председателя губернской ЧК.

В те годы органы ВЧК много делали для решения такой важной для страны проблемы, как национальный вопрос. Приходилось бороться с проявлениями шовинизма и национализма, унаследованными от царского режима, и являвшимися серьезной помехой к достижению единства наций и народностей.