Для организации похищения генерала Миллера в Париж прибыл заместитель начальника внешней разведки НКВД Сергей Шпигельглас. Во французскую столицу был также командирован из Испании резидент НКВД Александр Орлов. В операции принимал непосредственное участие и парижский резидент НКВД Георгий Косенко, находившийся в стране под прикрытием должности вице-консула и под фамилией Кислова, а также целый ряд сотрудников центрального аппарата разведки, специально командированных в Париж. Конечная цель операции перед ними не раскрывалась. Согласно разработанному плану, генерал Скоблин должен был заманить Миллера на конспиративную квартиру резидентуры якобы для переговоров с представилями гитлеровских спецслужб о налаживании сотрудничества с РОВС.

Акция чекистов завершилась, казалось бы, благополучно: Миллер был похищен 22 сентября 1937 года и затем доставлен в Гавр на борт советского теплохода «Мария Ульянова», который немедленно взял курс на Ленинград. Однако перед тем, как пойти на встречу, организованную Скоблиным, генерал Миллер оставил у себя на рабочем столе записку следующего содержания:

«У меня сегодня в 12.30 свидание с ген. Скоблиным на углу ул. Жасмен и Раффе. Он должен отвезти меня на свидание с германским офицером, военным атташе в балканских странах Штроманом и с Вернером, чиновником здешнего германского посольства.

Оба хорошо говорят по-русски. Свидание устраивается по инициативе Скоблина. Возможно, что это ловушка, а поэтому на всякий случай оставляю эту записку.

22 сентября 1937 года.

Поскольку генерал Миллер в штаб-квартиру РОВС не вернулся, вечером 22 сентября генерал Кусонский и заместитель Миллера адмирал Кедров вскрыли пакет с его запиской и вызвали к себе генерала Скоблина для объяснений. Скоблин поначалу отрицал сам факт своей встречи с Миллером. Однако после того, как адмирал Кедров предъявил ему записку Миллера и предложил пройти в полицейский участок для дачи показаний, Скоблин понял, что все рухнуло. Под благовидным предлогом он вышел из помещения РОВС и исчез. Некоторое время он скрывался на конспиративной квартире советской разведки в Париже, а затем на самолете, специально закупленном для этого Александром Орловым, был переправлен в Барселону, где вскоре погиб в результате бомбардировки города гитлеровской авиацией.

Миллер был доставлен во внутреннюю тюрьму НКВД на Лубянке, где содержался как заключенный N 110 и под именем Иванова Петра Васильевича до мая 1939 года. Однако к тому времени нужда в инсценированных политических процессах отпала, поскольку в воздухе явно пахло новой мировой войной. К маю 1939 года Германия не только совершила аншлюсс Австрии, Судетской области, но и полностью оккупировала Чехословакию, несмотря на гарантии ее безопасности со стороны Англии и Франции. Разведка НКВД располагала информацией о том, что следующей целью Гитлера будет Польша.

Сталин прекрасно понимал, что в подобных условиях продолжение судебных процессов над военными, в которых предполагалось использовать Миллера, может окончательно деморализовать Красную Армию в предверии близящегося военного столкновения с гитлеровской Германией, и отказался от этой идеи. Он сместил Н. Ежова с поста наркома внутренних дел, а в скором времени возложил на него ответственность за творимые в стране произвол и беззаконие. Нужда в генерале Миллере отпала. 11 мая 1939 года Л. Берия, сменивший Ежова на посту наркома внутренних дел, подписал распоряжение о расстреле генерала Миллера, осужденного Военной коллегией Верховного Суда СССР. В 23 часа 05 минут того же дня приговор был приведен в исполнение.

Георгий Косенко, принимавший непосредственное участие в похищении и вывозе в Советский Союз Е. К. Миллера, в 1937 году был награжден за эту операцию орденом Красного Знамени. В служебной характеристике, составленной на него в том же году в Центре, отмечалось:

«За время работы в органах НКВД капитан госбезопасности Г.Н.Косенко характеризовался как хороший, способный, усидчивый и энергичный чекист.