Смерть Энрике IV Бессильного была столь быстрой, что снова заговорили об отравлении. С его уходом из жизни пресеклась мужская линия кастильского королевского дома.

Изабелла скрывалась тогда в Сеговии. На следующий день, 12 декабря 1474 года, посланник кардинала де Мендоса сообщил Изабелле о кончине ее сводного брата. В этой щекотливой ситуации Изабелла поступила следующим образом: одетая в горностаи и сверкая бриллиантами, с распущенными по плечам длинными светлыми волосами, она выехала верхом на лошади перед восхищенной толпой. Затем она распорядилась отслужить по усопшему мессу, а 13 декабря поднялась на быстро сколоченную трибуну и сама себя короновала.

Собравшийся городской совет Сеговии тут же провозгласил ее новой королевой. Толпа ликовала, а Изабелла произнесла первую в своей жизни тронную речь, которая завершалась словами: «Изабелла, королева Кастилии, и Фердинанд, ее законный супруг».

Затем она послала в разные концы королевства гонцов с этой новостью и угрозами, предназначенными для ее противников. Одновременно с этим она подумала и о том, чтобы предупредить обо всем своего мужа, находившегося в то время в Сарагосе, столице Арагона.

Такая стремительность ошеломила не только часть кастильской аристократии, но и самого Фердинанда. Под предлогом того, что женщина не может сидеть на троне, он тоже провозгласил себя королем Кастилии, как самый близкий родственник умершего короля. 2 января 1475 года Фердинанд въехал в Сеговию, где Изабелла устроила ему праздничный прием. В последующие дни между супругами и их сторонниками вспыхнул острый спор о правах королевы и ее супруга. Считая себя обделенным, Фердинанд стал угрожать отъездом. После этого последовала бурная сцена, из которой Изабелла, поддерживаемая Торквемадой, конечно же, вышла победительницей.

Чтобы закрепить договоренность, Педро Гонсалес, кардинал де Мендоса, и архиепископ Альфонсо Каррильо де Акунья составили так называемый «Сеговийский договор» от 15 января 1475 года. По нему Фердинанду был гарантирован королевский титул, однако Изабелла была объявлена не просто королевой, но и «владелицей» государства и за ней было закреплено исключительное право наследования. Кроме того, за Изабеллой были признаны верховная военная власть, регентство и руководство гражданской администрацией. В отсутствие Фердинанда ей предстояло самолично определять правовую и внутреннюю политику. Впрочем, внешнюю политику Изабелла передала в ведение своего супруга и сделала это без сожалений, так как в те времена, по арагонской традиции, эта политика концентрировалась главным образом вокруг Южной Италии. И хотя благодаря таким компромиссным решениям Фердинанду удалось избежать унизительного положения принца-консорта, все же Изабелла осталась единоличной владычицей Кастилии.

Отметим, что Торквемада и здесь сыграл весьма важную роль.

М. В. Барро констатирует: «В это смутное время Торквемада принимал живейшее участие в провозглашении Изабеллы наследницей Кастилии».

Стоит отметить, что Изабелла воспитывалась под влиянием матери, которая просто помешалась на религии (ныне она была так погружена в свои печальные мысли, что даже перестала узнавать дочь), и Изабелла в значительной степени переняла у нее эту фанатичность. А Торквемада, отказываясь от предлагавшихся ему постов и назначений, ухватился за это и пробыл в роли ее духовного наставника до конца своей жизни. Безусловно, влияние на Изабеллу он имел сильнейшее. При этом, будучи фанатичной католичкой, Изабелла видела в Торквемаде нечто большее, чем просто монаха или священнослужителя.

Жозеф Лавалле в своей «Истории инквизиций Италии, Испании и Португалии» пишет: «Ему несложно было ею управлять: невинность этой принцессы, чистосердечие ее возраста, горячность, такая естественная для юной девушки, занятой лишь религиозными мыслями… способствовали тому, что Торквемада овладел ее сознанием, не позволяя ей колебаться».