Восемнадцатого января 1476 года Изабелла двинулась от Вальядолида к Бургосу, который сдался 28 января, и 10 февраля королева вернулась в Вальядолид.

В феврале 1476 года португальская армия сконцентрировалась в Торо, собираясь оказать помощь Саморе. Фердинанд двинулся было от Саморы к Торо, но не стал принимать сражение, а отступил обратно к Саморе, куда 19 февраля подтянулись португальские войска. С юго-востока, от Алаэхоса, подошли войска Изабеллы и атаковали португальцев. Афонсу V Португальский отступил к Торо, где кастильцы и нанесли ему поражение 1 марта 1476 года.

В этом сражении Изабелла сидела верхом на коне — по-мужски, но в широкой юбке поверх штанов, дабы не быть обвиненной в совершении греха (ношение мужской одежды, кстати сказать, было одним из пунктов обвинения Жанны д’Арк, сожженной на костре за 45 лет до этого). Специально для нее сделали шлем, под который можно было спрятать ее длинные волосы, и кирасу, удобную для ее груди. Она сама вела в бой своих солдат, понимая, что от победы или поражения зависит все.

В сражении при Торо армия приверженцев Изабеллы под командованием короля Фердинанда одержала победу над португальскими захватчиками и кастильскими сторонниками Хуаны ла Бельтранеха под командованием Афонсу V Португальского, кровавую победу, после которой десять тысяч человек навсегда остались на поле боя и еще примерно столько же было покалечено. Но это была очень важная победа.

Девятнадцатого марта замок Саморы сдался кастильской армии.

В апреле 1476 года Фердинанд перешел в наступление от Медины-дель-Кампо на Канталапьедру, и эта крепость сдалась королю. Афонсу оставил Вильяльбу, Портильо и Майорху, после чего на шесть месяцев было заключено перемирие. Вслед за окончанием перемирия Фердинанд 19 октября взял Торо, что, по сути, означало конец войны.

В честь победы при Торо Изабеллой и Фердинандом был основан францисканский монастырь Сан-Хуан-де-лос-Рейес, предназначавшийся для королевской усыпальницы. Поэтому стены главной монастырской церкви украшены гербами и геральдическими щитами королей; однако сами они потом были похоронены в Гранаде.

Вслед за этим Афонсу V, отказавшись от претензий на кастильский престол, вернулся в свою Португалию. Вскоре он развелся с Хуаной ла Бельтранеха, ставшей ему ненужной, и та удалилась в монастырь. После этого все сочли, что она, укрытая за его мощными стенами, уже никогда не причинит никому беспокойства. В самом деле, разве она не дала монашеский обет, запрещавший ей участвовать в мирской жизни…

Предавший Изабеллу архиепископ Альфонсо Каррильо де Акунья вновь бессовестно переметнулся к победителям, после чего также был вынужден уйти в монастырь, где и умер в июле 1482 года. Запоздалую клятву верности Изабелле и Фердинанду принес и сын маркиза де Вильена.

Отметим, что 13 июня 1475 года вдруг умерла Жуана, сестра короля Афонсу Португальского и супруга короля Энрике Бессильного (ей было всего 36 лет, и она пережила своего мужа лишь на пол года). Все это говорит о том, что на этот раз Изабелла и Фердинанд окончательно и бесповоротно стали хозяевами Кастилии. Теперь Изабелла везде стала подписываться: «La reina», что значило — «Королева».

Совет Филиппа де Барбериса, поддержанный Торквемадой

В 1477 году Филипп де Барберис, инквизитор с Сицилии, которая долгое время находилась под властью королей Арагона, приехал в Севилью, чтобы получить от Изабеллы и Фердинанда подтверждение дарованной сицилийской инквизиции привилегии, в силу которой инквизиторы вступали в обладание третью имущества осужденных еретиков. Изабелла подтвердила эту привилегию 2 сентября 1477 года, а Фердинанд сделал это через полтора месяца, 18 октября того же года.

Получив то, что требовалось, Филипп де Барберис на прощание посоветовал королевской чете создать новую активную инквизицию и в их королевстве, доказывая, что ее деятельность сможет лишь послужить укреплению их власти.