Голод обострил социальные противоречия в стране. Бунты в южных крепостях и уездах России и восстание казачьей окраины от Дона до Яика несли опасность государству. В такой ситуации господствующее феодальное сословие волей-неволей должно было сплотиться вокруг династии ради защиты собственных интересов. Дворянство в массе своей настороженно отнеслось к самозваному царьку. Лишь несколько воевод невысокого ранга перешли на его сторону. Чаще крепости самозванцу сдавали восставшие казаки и посадские люди, а воевод приводили к нему связанными.

Покинутый большей частью наемников, Отрепьев спешно сформировал армию из непрерывно стекавшихся к нему казаков, стрельцов и посадских людей. По словам очевидца Якова Маржарета, самозванец стал вооружать крестьян и включил их в свое войско. Новая армия Лжедмитрия была наголову разбита царскими воеводами в битве под Добрыничами 21 января 1605 г. При энергичном преследовании воеводы могли бы захватить самозванца или изгнать его из пределов страны, но они медлили и топтались на месте. Бояре не предали Бориса, но им пришлось действовать среди враждебного населения, восставшего против государя. Несмотря на поражение Лжедмитрия, его власть вскоре признали многие южные крепости. Казачьи отряды грозили коммуникациям царской армии. Полки были утомлены длительной кампанией, и дворяне самовольно разъезжались по домам. В течение почти полугода воеводы не сумели взять Кромы, в которых засел атаман Корела с донцами. Под обгорелыми стенами этой крепости, по образному выражению С. Ф. Платонова, решилась судьба династии.

Иван Грозный кончил тем, что издал особый указ против холопских доносов на господ. Борис стал возводить доносчиков-холопов в дворянское достоинство и жаловал их поместьями. О награждении доносчиков власти объявляли публично на площади перед Челобитным приказом. После смерти Бориса Лжедмитрий издал особый указ о конфискации поместий у новых дворян холопского происхождения, появившихся при Годунове. По словам современников, от холопских доносов в царстве началась «великая смута».

Некогда Годунов снискал поддержку страны, распустив «двор» — последыш опричнины — и тем самым покончив с политическим наследием Грозного. Правитель справился с боярской оппозицией, не прибегая к погромам и казням. Но все переменилось, едва в стране началась гражданская война. Тысячи казаков и комарицких мужиков, попавших в плен к воеводам после битвы под Добрыничами, были повешены. Множество мирных крестьян, их жен и детей в Комарицкой волости были перебиты без всякой вины с их стороны. Жестокость стала неизбежным спутником гражданской войны. Своими успехами Лжедмитрий был обязан более всего поддержке низов общества. Годунов сознавал, с какой стороны ему грозит смертельная опасность, и стремился силой подавить выступления черни. В конце концов правительство утратило популярность и лишилось поддержки большинства народа.

Отношение к дворянству было совсем иным. Борис щадил дворянскую кровь совершенно так же, как и самозванец. Крайние меры применялись лишь к немногим дворянам-перебежчикам, к лицам, захваченным на поле боя с оружием в руках, посланцам «вора», подстрекавшим народ к мятежу. Последних вешали без суда на первом попавшемся дереве.

Нарастание репрессий привело к тому, что сыскное ведомство расширило свои политические функции. Сохранились сообщения о том, что глава этого ведомства Семен Годунов настаивал на казни заподозренных в измене руководителей Боярской думы. Между тем дума была высшим органом государства, а Сыскной приказ — лишь одной из ее многочисленных комиссий.

Прежде деятельный и энергичный, Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, и никто не мог его видеть. Прошло время, когда Годунов охотно благоволил сирым и убогим, помогал им найти справедливость и управу на сильных. Теперь он лишь по великим праздникам показывался на народе, а когда челобитчики пытались вручить ему свои жалобы, их разгоняли палками.