Члены английского посольства описали последние часы Годунова со слов лечивших его медиков. По обыкновению врачи находились при царской особе в течение всего обеда. Борис любил плотно покушать и допускал излишества в еде. Убедившись в добром здравии государя, доктора разъехались по домам. Но через два часа после обеда Борис почувствовал дурноту, перешел в спальные хоромы и сам лег в постель, велев вызвать лекарей. Тем временем бояре, собравшиеся в спальне, спросили государя, не желает ли он, чтобы дума в его присутствии присягнула наследнику. Умирающий, дрожа всем телом, успел промолвить: «Как Богу угодно и всему народу». Вслед за тем у Бориса отнялся язык, и духовные особы поспешно совершили над умирающим обряд пострижения. Близкий к царскому двору Я. Маржарет передает, что Годунов скончался от апоплексического удара.

Смерть Бориса дала толчок к дальнейшему развитию Смуты в Русском государстве. Незадолго до кончины Годунов решил вверить командование армией своему любимцу Петру Басманову, отличившемуся в первой кампании против самозванца. Молодому и не слишком знатному воеводе предназначалась роль спасителя династии. Последующие события показали, что Борис допустил роковой просчет.

Сын знаменитого опричного фаворита Грозного, Басманов был всецело поглощен собственной карьерой и плохо помнил благодеяния. Будучи принужден считаться с местническими традициями, Борис формально поставил во главе армии боярина князя Михаила Катырева-Ростовского, всецело обязанного своей карьере новому царю. Петр Басманов числился его помощником. После блистательного взлета в опричнине Басмановы надолго сошли со сцены, и Петру Басманову предстояла жестокая борьба, чтобы возродить былую «честь» фамилии. Явившись в армию уже после смерти Бориса, Басманов заявил резкий протест против назначения в его армию боярина Андрея Телятевского, которое, по его мнению, наносило ущерб его местническому положению.

«Потерька» фамильной чести беспокоила новоиспеченного главнокомандующего гораздо больше, чем тяжелое положение войска. В присутствии бояр он заявил, что Семен Годунов выдал его в «холопи» своему зятю Андрею Телятевскому, но он, Басманов, предпочитает смерть такому позору. Молодой воевода не мог сдержать чувств и, упав посреди «разрядного» шатра, «плакал с час, лежа на столе». Тяжба с зятем всесильного Семена Годунова привела Басманова в лагерь оппозиции, давно образовавшейся в действующей армии. Наибольшее недовольство выражали рязанские и северские дворяне, в большом числе уклонившиеся от присяги Федору Годунову. Во главе заговора недовольных дворян встали «большие» рязанские дворяне Ляпуновы. При Годунове они неоднократно подвергались наказаниям за участие в столичных беспорядках и незаконную продажу оружия казакам на Дон. Теперь Ляпуновы затеяли тайные переговоры с донцами, осажденными в Кромах.

Заговорщики подняли мятеж, едва к ним примкнули воеводы Басманов и братья Голицыны. По сигналу донские казаки произвели вылазку из Кром и ударили по царскому лагерю. Тем временем мятежники проникли в воеводский шатер посреди лагеря и связали воеводу Ивана Годунова. Из-за начавшейся паники верные воеводы князь Михаил Катырев-Ростовский и Телятевский не сумели организовать отпор кучке мятежников и бежали из лагеря.

Дворянское ополчение в массе не поддержало заговорщиков, но новгородцы и псковичи, преобладавшие в армии, не выказали большого желания сражаться за дело Годуновых. В течение трех дней остатки бежавших из лагеря полков шли через Москву на север. Правительство Федора Годунова не смогло провести новую мобилизацию, и его военная опора рухнула.