Новгородцы сожгли свои посады и стали готовиться к длительной осаде. Но архиепископ Феофил настоял на мирных переговорах с Москвой. Перспектива длительной осады города и угроза войны с Литвой побудили Ивана III не медлить с заключением мира. На Новгород была наложена контрибуция в 16 тысяч рублей. В тексте договора новгородцы еще именовались «Великим Новгородом, мужами вольными», но «отчина» великого князя Новгород обязался на отставать от Москвы и «не отдаться» за короля. Бояре привели новгородцев к присяге на верность Ивану III. Московские власти не решились упразднить в Новгороде вечевой строй. Последующие события обнаружили несовместимость республиканских и монархических порядков.

Осенью 1475 г; Иван III явился в Новгород «миром», но его сопровождала внушительная военная сила. По традиции новгородских должностных лиц могли судить лишь Совет господ и вече Новгорода. Великий князь пренебрег традицией. Поводов для вмешательства во внутренние дела Новгорода было более чем достаточно.

В обычных условиях вечевой строй «республики» обеспечивал участие населения в управлении государством при сохранении правопорядка. В обстановке острого кризиса вече, унаследовавшее от древнего народоправства архаические черты, неизменно обнаруживало теневую сторону. Когда жители разных «концов» города не могли прийти к согласованному решению, они пускали в ход силу. Одержавшие верх на вече подвергали прямому грабежу своих противников. Население Новгорода не могло простить сторонникам Москвы Шелонского побоища. Бояре Неревского «конца», ориентировавшиеся на союз с королем, использовали народные настроения для расправы с жителями Славенского «конца», тяготевшего к Москве. Они напали на Славкову улицу и подвергли ее жителей грабежу. В жалобе на имя Ивана III пострадавшие перечислили имена 25 лиц, повинных в грабеже. По прибытии в Новгород государь велел арестовать четырех бояр. Наказания избежали некоторые из главных инициаторов разбоя, зато под стражу угодил известный противник Москвы, имя которого не фигурировало ни в каких жалобах.

Добиваясь полного подчинения Новгорода, Иван III задался целью упразднить особый новгородский суд, заменив его великокняжеским. Вопрос о ликвидации вечевого строя был отложен на будущее.

Появление второй власти в Новгороде имело важные последствия. Жители, потерпевшие неудачу в суде «республики», немедленно обращались со своими исками к Ивану III. К весне 1477 г. в Москве собралась целая толпа новгородских жалобщиков, принадлежавших к различным слоям общества. Среди других во дворец явились двое мелких чиновником — подвойский Назар и дьяк новгородского веча Захарий. Кто снарядил их в Москву, невозможно установить. Домогаясь милости, эти лица употребили в своем обращении к Ивану III титул «государь». Официальные послы Новгорода неизменно именовали великого князя «господином». «Господин Великий Новгород» вел переговоры с «господином Великим князем». Такое обращение символизировало равенство сторон. Московские власти поспешили использовать обмолвку, чтобы предъявить «республике» новые требования. Бояре Ф. Д. Хромой-Челяднин и И. Б. Тучко-Морозов прибыли в Новгород и потребовали признания за Иваном III титула государя и упразднения новгородского суда.

Новгородское вече выслушало послов и категорически отвергло их домогательства. Лица, давшие Москве повод для враждебных действий, были объявлены вне закона. Распри между сторонниками и противниками Москвы фактически привели к падению боярского правительства.