9 октября 1477 г. Иван III с войском выступил в поход на Новгород. В пути к нему присоединилась тверская рать. В ноябре московские, тверские и псковские отряды окружили Новгород со всех сторон. Новгородцы деятельно готовились к обороне. Городские укрепления включали Детинец (Кремль) и «город» с мощным поясом укреплений. Чтобы не допустить штурма со стороны реки, воевода В. Гребенка-Шуйский и жители спешно соорудили деревянную стену на судах, перегородив Волхов. Новгородцы рассчитывали на то, что многочисленная неприятельская армия, собранная в одном месте, не сможет обеспечить себя продовольствием и рано или поздно отступит, спасаясь от голода и сильных морозов. Расчеты новгородцев оправдались лишь отчасти. Ивану III пришлось распустить половину войска, чтобы воины могли добыть продовольствие грабежом. Исключительную услугу Москве оказал Псков, доставивший в лагерь великого князя обозы со съестными припасами.

Новгород имел возможность выдержать осаду. Но его мощь подтачивали распри. Боярское правительство разделилось. Сторонники Москвы, помня о недавних казнях на вече, спешили покинуть город, чтобы предупредить государя, что «новгородцы не хотят здати Новгород».

Самые решительные защитники новгородских вольностей были давно казнены или сидели в московских тюрьмах. Оставшиеся на свободе бояре и вече не сумели организовать оборону города. — Людям, — записал псковский летописец, «мятущимся в осаде в городе, иные хотящи битися с великим князем, а иные за великого князя хотяще задати, а тех болши, котори задатися хотять за князя великого». Большое значение имела позиция архиепископа, настаивавшего на мирных переговорах с Москвой. 23 ноября 1477 г. новгородское посольство во главе с Феофилом явилось в походный шатер Ивана III на берегу Ильмень-озера. Новгородцы надеялись, что им удастся заключить мир на тех же условиях, что и прежде. Государь дал пир в честь послов, но отклонил все их просьбы. Надежды на почетный мир разлетелись в прах. Тем временем воинские заставы Ивана III заняли предместья Новгорода. Отбросив дипломатические ухищрения, Иван III объявил: «Мы, великий князь, хотим государства своего, как есмы на Москве, так хотим быть на отчине своей Великом Новгороде». Вслед за тем московские бояре продиктовали послам волю государя: «Вечю колоколу в отчине нашей в Новегороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Когда послы сообщили об этом на вече, в городе поднялось смятение и «многие брани». «Всташа чернь на бояр и бояри на чернь». Народ утратил доверие к боярам и окончательно отказался повиноваться им: «мнози бо вельможи и бояре перевет имеаху князю великому».

Оказавшись между молотом и наковальней, посадники пытались достичь соглашения с московскими боярами. Последние заверили послов, что Иван III не будет высылать новгородцев «на Низ», не будет «вступаться» (конфисковать) в их земли. Заверения положили конец колебаниям правителей республиканского Новгорода. Стремясь получить гарантии неприкосновенности своих имуществ, бояре просили, чтобы монарх лично подтвердил соглашение и принес клятву на кресте. Но им грубо отказали в этом.

Видя «неустроение» и «великий мятеж» в городе, князь В. Гребенка-Шуйский сложил крестное целование Новгороду и перешел на службу к Ивану III. Лишившись военного предводителя, новгородцы окончательно уступили всем требованиям московских властей.

15 января 1478 г. Патрикеев с другими боярами въехал в Новгород и привел к присяге жителей.