Усиление власти московских государей неизбежно должно было сказаться на их взаимоотношениях с церковью. Однако московские митрополиты не сразу смирились с новыми историческими условиями. Это неизбежно вело к столкновениям между светской и духовной властями. Поводом для первого серьезного конфликта послужил обряд крестного хода.

При освящении главной святыни России — Успенского собора — Иван III позволил себе резкое замечание митрополиту Геронтию, который, по его мнению, сделал ошибку и повел крестный ход против солнца. Когда митрополит отказался подчиниться, государь запретил ему освящать вновь построенные церкви столицы. В начавшемся богословском диспуте Ивана III поддержали ростовский архиепископ Вассиан Рыло и архимандрит кремлевского Чудова монастыря Геннадий Гонзов. Эти иерархи не могли привести никаких письменных свидетельств в пользу своей правоты («свидетельство никоего не приношаху») и ссылались лишь на обычай. Митрополит опирался на греческий образец. Его правоту подтвердил игумен, только что совершивший паломничество на Афон в Грецию. — В Святой горе, — сказал он, «видел, что так освящали церковь, а со кресты против солнца ходили». Возмущенный вмешательством государя в сугубо церковные дела, Геронтий удалился в монастырь. Конфликт приобрел широкую огласку, и Иван III принужден был уступить. Он отправился в монастырь на поклон к Геронтию, а относительно хождения с крестами обещал положиться на волю митрополита. Несколько лет спустя государь пытался избавиться от строптивого пастыря, вторично удалившегося в монастырь. Но ему не удалось низложить Геронтия.

Среди иерархов, выступавших на стороне Ивана III, выделялся архимандрит Геннадий. Митрополит подверг его наказанию, посадив в ледник. Но монарх вызволил его из заточения, а некоторое время спустя назначил архиепископом Великого Новгорода.

Флорентийская уния имела приверженцев и в России. В юности Софья Палеолог пользовалась покровительством папского престола. Ее воспитателем был грек Виссарион, рьяный поборник унии. Самыми влиятельными лицами при дворе Софьи в Москве были униаты братья Юрий Грек и Дмитрий Грек Траханиоты. Софья и ее греческое окружение настойчиво искали опору среди епископов ортодоксального направления. Геннадий Гонзов был одним из таких епископов.

На протяжении веков московские иерархи при всяком затруднении обращались к главе вселенской церкви — царьградскому патриарху. Расторжение унии и падение Византии поставили их в трудное положение.

В конце XV в. христианский мир жил в ожидании «конца света». Геннадию пришлось вести долгий богословский спор с новгородскими еретиками, скептически относившимися к идее «второго пришествия», которого ортодоксы ждали конкретно в 1492 г. (7000). После расправы с еретиками в 1490 г. Геннадий обратился за разъяснениями к грекам Траханиотам и вскоре же получил от Дмитрия «Послание о летах седьмой тысящи». Ученый грек не разделял «заблуждений» еретиков, но все же тактично предупреждал архиепископа: «Никто не весть числа веку». Представления о конце света были туманными и неопределенными. Многие полагали, что сначала на земле воцарится Антихрист, умножатся беззакония и настанет «тьма в человецех», и лишь после этого надо ждать второго пришествия Христа. Существовали различные системы летосчисления, а потому называли различные даты конца света. Наибольшие страхи вызывал 7000 год от сотворения мира. Пасхальные таблицы, которыми пользовались на Руси, были доведены лишь до 1492 (7000) года.

Когда до ожидаемого конца света оставались считанные годы, массу верующих охватила экзальтация: «ино о том молва была в людех не токмо простых, но и непростых многых сумнение бысть».