Возможно, именно греки внушили архиепископу Геннадию мысль о возможности сотрудничества с католиками в работе над священными текстами. Начав работу над Библией, Геннадий пригласил на службу в Софийский дом Вениамина, доминиканского монаха из Хорватии. «Пресвитер, паче же мних обители святого Доминика, именем Вениамин, родом Словении, а верою латынянин» был, по его собственным словам, знатоком латинского языка и «фряжска». Вениамину принадлежала ведущая роль в составлении новгородского Библейского свода. Примечательно, что доминиканец целиком ориентировался на латинские рукописи, часть из которых он привез с собой. Следствием явился заметный сдвиг славянской Библии с греческого русла в латинское (И. Е. Евсеев). По наблюдению Г. Флоровского, составители библейского свода «ни к греческим рукописям, ни даже к греческим изданиям в Новгороде не обращались», но использовали Вульгату в латинском оригинале и чешском переводе. Наиболее образованные книжники Вениамин и Митя Герасимов при составлении комментария к библейским текстам широко использовали немецкий энциклопедический словарь Рейхлина, выдержавший в Европе до 1504 г. 25 изданий.

В Новгороде культурно-религиозное влияние Запада сказывалось ощутимее, чем в Москве, и тут раньше обнаружился контраст между новой теологией Запада и традиционным богословием, некогда составлявшим основу христианского учения. Западное богословие заново открыло для себя античную философию, что послужило толчком для разработки концепций теологии на новых основах. Восточная греческая предпочитала схоластике мистические искания. На Руси наибольшую восприимчивость к новым идеям проявляли образованные новгородцы. В своих богословских исканиях они шли значительно дальше, чем могли позволить себе московские ортодоксы. На этой почве и возникло одно из интереснейших явлений русской общественной мысли — новгородское «вольнодумство», объявленное ересью. Начало конфликту между еретиками и ортодоксами положили не столько богословские споры, сколько практика церкви. В Москве процветала продажа церковных должностей. Про архиепископа Геннадия говорили, будто он затратил на приобретение должности тысячи рублей, неслыханно большую сумму денег. Игумен псковского Немцова монастыря Захар, будучи противником симонии, не желал подчиняться авторитету архиепископа, к чьей епархии принадлежал его монастырь. В качестве республики Псков сохранял политическую независимость от Новгорода, и это позволило Захару открыто выступить с обвинениями против Геннадия. В течение трех лет игумен рассылал повсюду грамоты, в которых называл Геннадия еретиком. В свою очередь архиепископ заклеймил как еретиков Захара и двух новгородских священников, Алексея и Денисия. Эти священники были взяты Иваном III в Москву и сделали блистательную карьеру при его дворе. Алексей стал протопопом главного храма — Успенского собора, а Денисий — священником кремлевского Архангельского собора, усыпальницы московских государей. Затеяв борьбу с еретиками, Геннадий вскоре же обнаружил, что вольнодумство и ересь успели проникнуть в столицу православной Руси. Среди московских вольнодумцев самой заметной фигурой был дьяк Федор Курицын, близкий ко двору Ивана III. Ему и другим еретикам открыто покровительствовала мать наследника трона Дмитрия-внука Елена Волошанка. Федор Курицын критиковал монашество и развивал мысль о свободе воли («самовластии души») человека, которому образование и знание дают свободу, ибо он узнает, где добродетель, где порок, где пьянство, где невежество.

Русское вольнодумство и ереси конца XV — начала XVI в. получили неодинаковую оценку в литературе. В советской историографии их трактуют как реформационно-гуманистическое движение, направленное против феодальной церкви.