По пути он подавил сопротивление португальцев в высокогорном городе-крепости Гуарде. Французы хладнокровно атаковали численно превосходившего их противника, захватили всю его артиллерию и убив почти 1000 португальцев. «Своей беспомощной бравадой и неорганизованной стрельбой они лишь навлекли ярость французских солдат на свои дома, которые были подвергнуты разграблению». (45, с. 248–249)

5 июля в деревушке Аталайя 2 батальона легкой пехоты Луазона разгромили португальцев, руководимых местным кюре, также нанеся им огромные потери. По приказу Луазона было казнено большое количество пленных.

Примерно в это же время, находившийся в Лиссабоне Жюно получил известие о том, что с севера на столицу движется 20-тысячный отряд вооруженных чем попало португальских крестьян. Жюно двинул против них все, что у него оставалось: 4 элитных роты, части 47-го и 58-го линейных полков, 2 батальона 12-го полка легкой пехоты, 2 эскадрона кавалерии и 6 орудий. Командовать этим отрядом было поручено генералу Маргарону. Бой произошел в районе Лейрии. Генерал Маргарон решительно атаковал и уничтожил почти 900 португальцев, захватив все их знамена. После этого отряд, преследуя бегущих португальцев, пошел на восток к Томару на соединение с отрядом генерала Луазона. 9 июля отряд Луазона уже был в Абрантише, а 11-го — в Сантареме. По данным генерала Тьебо, отступая из Альмейды, Луазон потерял 60 чел. убитыми и 130–140 чел. ранеными, потери же португальцев составили 4 тыс. чел. (70, с.155)

Уже в Сантареме к отряду Луазона присоединились войска генералов Келлерманна, Томьера и Бренье. Батальон 4-го швейцарского полка был направлен в форт Пенише, 2-й полк легкой пехоты — в Обидуш, 4-й полк легкой пехоты — в Сантарем, 32-й линейный полк — в Абрантиш. Из остальных войск Луазон сформировал летучий отряд, который по приказу Жюно двинулся на Алкобаса.

Генерал Луазон, поддержанный генералом Келлерманном, возглавлявшим отряд, состоявший из 4 батальонов пехоты, драгунского полка и 2 орудий, славно отомстил португальцам в районе Алкобаса, буквально разнеся в пух и прах 15-тысячную толпу восставших. В Алкобаса французы разорили старинное аббатство, основанное еще в XII в. При этом старинные бесценные книги из библиотеки аббатства были приведены в негодность, так как их страницы использовались для приготовления ружейных патронов. Существует легенда, что один из французских офицеров случайно сохранил несколько таких патронов, а через несколько лет развернул страницы и обнаружил на них старинные рецепты приготовления блюд из печени, которые в настоящее время являются национальной гордостью так называемой «французской кухни». Старинные алтари аббатства были пущены на дрова для костров.

Боевой задор португальцев в центральных районах страны начал постепенно угасать. Несмотря на численное превосходство, они ничего не могли противопоставить организованности и профессионализму французов.

После взятия Алкобасы генерал Луазон переместился к реке Тежу в город Сантарем, а оттуда был направлен в юго-восточную провинцию Португалии Алентежу для проведения карательной операции, аналогичной той, что он только что провел на севере. В этой миссии его сопровождали генералы Солиньяк и Маргарон.

25 июля отряд Луазона пересек реку Тежу, а 28-го уже был в Монтеморе. Там авангард Луазона встретился с авангардом португальцев и разгромил его, уничтожив около 50 чел. и взяв в плен около 100 чел. крестьян-ополченцев, которых из-за их жалкого вида приказано было отпустить по домам.

Основные силы противника были собраны в столице Алентежу крепости Эвора в 110 км от Лиссабона. 29 июля войска Луазона подошли к Эворе и были встречены огнем многочисленных стрелков и 5 орудий. Луазон приказал войскам остановиться и начал разведку боем. Справа от Эворы противник занимал высоты, переходившие в горы, левый же фланг его опирался на стены старинного городского замка.