Традиции добрососедства России со странами Ближнего Востока в 1595 г. продолжали сохраняться. Впрочем, и здесь были свои трудности. 27 января 1595 г. Москву в третий раз посетил шахский посланник Анди-бек. Шахский двор, озабоченный проникновением России на Северный Кавказ, отвергал ее претензии на Дагестан и предупреждал, что шамхал является подданным Сефевидов. Вместе с тем Анди-бек передал пожелание Аббаса I развивать торговые сношения между странами. В августе 1595 г. в Астрахань вернулся ездивший с миссией в Иран князь А. Д. Звенигородский. Задачу свою — добиться сохранения дружественных сношений с шахом — он выполнил успешно. Османская империя, где после смерти Мурада престол занял молодой Мухаммед III, занята была войной в Европе, терпя там поражение за поражением. Только в феврале 1595 г. вернулся в Крым из похода в Венгрию Казы-Гирей. В мае, узнав об этом, «князи, и бояре, и воеводы, и всякие воинские ратные люди, и вся земля» били челом царю, «чтоб им в то время позволили итти на Крым». Но, верный политике умиротворения, Борис Годунов (устами царя) отказал им в просьбе. Летом 1596 г. в Кахетию отправилось посольство К. П. Совина с сообщением о постройке городка Койсы и о военных действиях против «шевкала».

В 1595 г. во время очередной поездки царя Федора на богомолье (на этот раз в Пафнутьев монастырь) в Москве вспыхнул новый страшный пожар. Выгорел весь Китай-город. На следующий год царь отдал распоряжение сделать в Москве каменные лавки (вместо легковоспламеняющихся деревянных), причем «своей казной». Их строительство было завершено в 1595/96 г. В том же году кн. В. Щепин-Ростовский и В. Лебедев с «советчиком» П. Байковым хотели снова поджечь Москву и, воспользовавшись пожаром, пограбить государеву казну. Их намерения стали известны. Последовала быстрая расправа: Щепину и Байкову отрубили головы «на Пожаре».

В декабре 1595 г. кн. В. Звенигородский получил царский наказ ехать в Смоленск и готовиться там к строительству каменной крепости. Вместе с ним отправился и прославленный градостроитель Ф. С. Конь. В 1595/97 г. «делати каменный город» туда же выехал и окольничий И. М. Бутурлин. В Смоленск отправились каменщики и гончары из разных городов, которые «каменье и известь возили з дальных городов». Так, тульские кирпичники составили в 1586/87 г. особую корпорацию, чтобы «ежегодь ходить к государевым кирпичным делам». Смоленск велено было построить «наспех», т. е. скоро. Надзор за строительством крепости осуществлял сам Борис. По словам «Нового летописца», правитель государства, «идучи, дорогою по градом и по селом поил и кормил, и хто о чем побьет челом, и он всем давал, являяся всему миру добрым».

Поддерживая купечество, Борис Годунов не склонен был за его счет одаривать льготами иностранных торговцев. Выданная в 1596 г. очередная привилегия англичанам повторяла старую, содержавшую весьма умеренные льготы. Русско-английская торговля должна была строиться на взаимовыгодных основах.

Камнем преткновения для русско-датских отношений оставались лопские погосты, на которые претендовали обе державы. В 1595/96 г. датский король Христиан IV прислал царю Федору грамоту, в которой говорилось о необходимости их размежевания. Но дело до конца не было доведено (датские послы уехали из Колы, не дождавшись русских). Впрочем, Борис старался сгладить русско-датские противоречия, «намереваясь вступить в союз» с Данией.

Не было перемен и в отношениях России с Речью Посполитой. В начале 1597 г., когда стало ясно, что царь Федор недолговечен, в среде польских и литовских магнатов снова встал на повестку дня вопрос о династической унии с Россией.