Назначения в Думу 1591–1592 гг. объясняются тем, что Борис в сложной обстановке, вызванной смертью Дмитрия и московскими пожарами, пытался очередной раз консолидировать силы феодальной знати. Именно тогда снова при дворе появились князья В. И. и Д. И. Шуйские. и возвращен был из опалы Б. Я. Бельский.

В корпорации думных дворян изменения произошли сразу же после коронации Федора. В 1583/84 г. Б. В. Воейков отправлен был в Пронск и затем надолго исчез из разрядов. В 1586 г. постригся в монахи М. А. Безнин. После 9 декабря 1586 г., но до 8 апреля 1587 г. (по данным Ю. Н. Мельникова) лишился чина его родич печатник Р. В. Алферьев. К 1 июня 1587 г. этот чин был уже у В. Я. Щелкалова. В 1589 г. думными дворянами были Р. М. Пивов, И. П. Татищев, Ф. А. Писемский и Е. Л. Ржевский. Оставался думным дворянином Д. И. Черемисинов, но чаще он упоминается как казначей. По боярскому списку 1588/89 г. думными дворянами числились Р. М. Пивов, И. П. Татищев и Р. В. Алферьев. Думные дьяки стали принимать все более активное участие в работе Думы. «Ближней думы большой дьяк» Андрей Щелкалов с 1570 по 1594 г. являлся фактическим руководителем Посольского приказа и всей дьяческой администрации вообще. Это был крупнейший деятель государственного аппарата. После воцарения Федора он сначала поддерживал Н. Р. Юрьева, а потом полностью перешел на сторону Бориса, который сумел оценить его административные способности и доверял ему важнейшие государственные дела. А. Щелкалов, писал И. Масса, «был такой пронырливый, умный и лукавый, что превосходил разумом всех людей. Борис был весьма расположен к этому дьяку… и этот дьяк стоял во главе всех дьяков во всей стране, и по всей стране… ничего не делалось без его ведома и желания». Щелкалов отличался большой трудоспособностью. По словам Массы, он работал как «безгласный мул».

Причины выхода в отставку А. Я. Щелкалова в мае 1594 г. не вполне ясны. С. Ф. Платонов усматривал их в «тайных сношениях с Варкочем». Возможно, «большой дьяк» просто состарился (упоминается в источниках с 50-х годов XVI в.). Место Андрея Щелкалова занял его брат Василий, который, по мнению И. Массы, уступал ему в дарованиях. После отставки Р. В. Алферьева Щелкаловы стали хранителями государевой печати (печатниками).

Посольский приказ был как бы штабом государственного аппарата и привлекал для участия в делах внешнеполитического характера всех виднейших дьяков. Дьяки присутствовали на приемах послов и отправлялись с миссиями за рубеж. Так, крупнейшей фигурой после А. Щелкалова был дьяк Дружина Петелин. Наряду с работой в других приказах он был участником крупнейших посольств и приемов. В июне 1582 г. Дружина Петелин ездил в Речь Посполитую; в апреле 1583 г. присутствовал на съезде со шведскими послами на р. Плюссе; в 1583–1584 гг. участвовал в приеме английского посла Д. Боуса; снова и неоднократно ездил в Речь Посполитую (в ноябре 1584, апреле 1585, июне — октябре 1586, июле — сентябре 1587 г.); вел переговоры с патриархом Иеремией (июль 1588 г.), крымскими (август 1588 г.), иранскими (июнь 1590 г.) и польскими (февраль — март 1593 г.) послами. Это был, по словам Флетчера, «человек весьма замечательный… по уму и расторопности в делах политических». Не исключено, что Петелин и Щелкаловы находились между собой во враждебных отношениях. Во всяком случае в 1597/98 г., по словам В. Щелкалова, «дияк Дружина Петелин, как был в дияцех в Казанском дворце, мстя ему, Василью, по недружбе, что он извещал на него… многие изменные дела, стакався Большого приходу з дьяком со Жданом Порошиным». Зато «дружили» Щелкаловы с Шереметевыми, Голицыными, а ранее с Н. Р. Юрьевым.

Второй важнейший из приказов — Разряд, генеральный штаб русских войск, с начала 1577 по 1594 г.