Большевистский заговор для свержения Временного правительства (массовые волнения в Петрограде), который был сразу же объявлен ленинцами преждевременной стихийной акцией измученных лишениями народных масс, правительство Керенского сумело подавить в течение трех дней (3–5 июля 1917 года) и предало огласке сенсационные документы о государственной измене большевиков. Обнажилась грязная история с немецкими деньгами и спекуляцией на военных поставках. Опубликованная (перехваченная ранее) переписка между Лениным, Парвусом, Ганецким, Коллонтай, адвокатом Мечиславом Козловским, имя которого до тех пор еще ни разу не всплывало, другими большевиками, помимо доказательств о причастности к денежным махинациям, содержала еще и скрытые шпионские сведения, усомниться в чем мог лишь тот, кто заведомо не хотел ни видеть, ни слышать. Два человека особенно неистово требовали самых суровых мер для изменников — неутомимый разоблачитель провокаторов и предателей Владимир Бурцев и бывший большевик, бывший депутат Государственной думы Григорий Алексинский, который вместе с Коллонтай читал лекции в партийной школе в Болонье.

Еще в конце июня Ленин благоразумно покинул Петроград, отправившись в Финляндию отдохнуть на даче отнюдь не бедствовавшего большевика Владимира Бонч-Бруевича. В этом был не столько политический расчет, сколько физическая необходимость: тяжкая болезнь сосудов мозга, которая через неполных семь лет сведет его в могилу, вдруг резко обострилась, потребовав кратковременного, но полного отхода от дел. При первом же известии о беспорядках в Петрограде Ленин вернулся, обратился с балкона дворца балерины Кшесинской, где разместился штаб большевиков, к небольшой толпе, но был встречен без всякого воодушевления. Приказ о его аресте, как и об аресте других большевистских лидеров, тем временем уже был подписан.

Благодаря своевременной утечке информации из министерства юстиции, Ленину и Зиновьеву удалось скрыться, а Коллонтай вместе с Шадурской арестовали еще на шведско-финляндской границе. Зою, впрочем, почти сразу же отпустили, а Александру поместили в известную (существующую и поныне) петроградскую тюрьму Кресты. Туда же были уже заключены Троцкий, Луначарский, Раскольников, Ганецкий по обвинению в причастности к афере с германскими деньгами; Каменев, Дыбенко, Владимир Антонов-Овсеенко и другие большевики — по обвинению в организации заговора против Временного правительства. Через несколько дней Коллонтай перевели в Выборгскую женскую тюрьму. Условия заключения были не Бог весть сколь суровыми. Во всяком случае, Миша и Зоя имели возможность не раз ее посетить, снабдив не только предметами первой необходимости, но и домашними пирогами, пирожными, трюфелями — Александра была немыслимой сладкоежкой.

Арест еще выше поднял и без того уже достаточно высокий ее престиж в партийных кругах. Ни до, ни после он ни разу не поднимался до такого уровня. Валькирия Революции, как и остальные арестанты и беглецы, незримо присутствовала на тайно открывшемся Шестом партийном съезде. Реальный президиум съезда, руководивший его работой, составили пять человек: Сталин, Свердлов, Ломов, Ольминский и Юренев, почетный — и самый главный — Ленин, Зиновьев, Каменев, Троцкий, Коллонтай и Луначарский. Стенограмма не велась, подлинные протоколы не сохранились. Девять лет спустя Институт истории партии безуспешно пытался установить, кто же в точности на этом съезде был избран членом ЦК. Путем опроса свидетелей и сопоставления имевшихся документов удалось установить 22 имени. Вместе с Лениным, Троцким, Зиновьевым, Каменевым, Бухариным, Рыковым, Сталиным, Свердловым была избрана и Коллонтай. Даже вовлекшая ее в революцию и ставшая партийным функционером Елена Стасова в ЦК не попала.

Дыбенко писал узнице Выборгской тюрьмы восторженные письма, но бдительная стража послания председателя Центробалта «гражданке Коллонтай» передавать отказалась.