Для производства смолы строится Смоляной двор. Так как при производстве велик риск развития пожара, его размещают на окраине города, вдали от Адмиралтейства, которое связано с ним водным путем по Неве.

Рабочих на верфи собирают по всей России, 12 сентября 1705 года Меншиков подписывает указ, согласно которому надлежит «с посадов и уездов, великого государя с дворцовых и с патриарших, и с монастырских, и с помещичьих и с вотчинных крестьян выбрать плотников самых добрых, и не малолетних, и не старых и плотничьего дела умеющих 500 человек со всеми их плотничьими снастями и выслать в Санкт-Петербург на Адмиралтейский двор бессрочно».

Всего за период с 1706 по 1725 год на петербургских верфях построили 4 фрегата, 55 других крупных кораблей и более 200 галер. А еще один фрегат под названием «Самсон» Меншиков купил за границей и подарил на день рождения своему «герру капитану». Опробовав корабль, Петр написал Меншикову: «При сем пили за здоровье, кто сей корабль подарил, понеже зело хорош на ходу» – и заказал еще несколько в Англии и Голландии.

К военным предприятиям относился и Арсенал, построенный в 1711–1713 годах и объединивший в себе пушечно-литейный завод, хранилище всех оружейных запасов, в том числе и артиллерийских снарядов. Мастерские его располагались вдоль Литейной першпективы. Здесь, в частности, отливали огромные тяжелые жернова для Пороховых заводов, работавших на Охте, на Малой Невке, в район современных улиц Зеленина, название которых происходит от искаженного слова «зелье», т. е. порох, и в Кронверке. Мельницы приводились с движение водяными двигателями и конной тягой.

Но предприятия города работали не только для военных нужд. В 1717 году построена Шпалерная мануфактура, выпускавшая шпалеры и гобелены для петербургских дворцов и инициатор создания мануфактуры не кто иной, как Александр Данилович, который хорошо запомнил, как Петр «будучи в Париже, изволил смотреть всяких мануфактур, между которыми изволил видеть и шпалеры, и при том изволил говорить, дабы и у нас такая работа как наискорее завелась, и у нас еще ничего в зачине не бывало, понеже ни инструментов, ни шерсти, ни красильщиков нет». Меншиков тут же отдал распоряжение закупить в Париже необходимые инструменты. На Петербургских шпалерных мануфактурах вытканы, в частности, большие гобелены «Полтавская баталия», «Турецкая баталия с цесарцами» и еще множество больших и маленьких гобеленов, украсивших дворцы Петергофа и Стрельны.

В городе построили полотняные фабрики, завод для выделки пудры, плетеночную фабрику и две ветряные мельницы – одна для муки и крупы, другая – для взбивания масла. Постепенно дворцовые фабрики стали работать и на «внешний рынок», т. е. продавать свои товары рядовым петербуржцам. Петербург быстро превращался из военной крепости в промышленный город. И контроль над этим процессом Петр поручил Меншикову. Конечно, губернатор, по своему обыкновению, откладывал себе в карман, но работа двигалась, и когда в 1722 году Петр решил ввести для Петербурга ремесленные цеха, какие были в европейских городах, то таких цехов оказалось 44: портновский, сапожный, шапочный, цех для рукавичников, пуговичников, шубников, медников, паяльщиков и котельщиков, слесарей, столяров, каретников, маляров и т. д.

А еще Меншиков отвечал за застройку не только Петербурга, но и Шлиссельбурга, Кронштадта и Петергофа. Задачи перед ним стояли разные – если Шлиссельбург и Кронштадт прежде всего военные крепости, то в Петергофе нужно построить царский дворец, не уступавший по красоте Версалю. Новых украшений требовала и столица – нужно укреплять и выравнивать берега реки, чтоб по ней удобнее было идти бурлакам, тащившим грузы, распланировать новые районы. Вероятно, порой Меншиков бывал небрежен или просто не успевал уследить за всем.