В 1710 году, 13 июня, был взят Выборг и таким образом была достигнута безопасность столицы со стороны ближайших границ. После этого государь, будучи в Петербурге, в июле 1710 года, «осматривал место, где быть строениям». Тогда и указано было «непременно на том месте быть монастырю». Определено было именовать монастырь «Живоначальныя Троицы и Святого благоверного великого князя Александра Невского» и быть – по правую сторону Черной речки каменному монастырскому строению, а по левую – деревянному партикулярному.

Место, выбранное для Александро-Невского монастыря, имело историческое значение. Предания связывали с ним историческое сражение 15 июля 1240 года, когда новгородцы разгромили вторгшееся в пределы Руси войско ярла Биргера. Однако знаменитая битва произошла не в устье Черной речки, а в устье реки Ижоры, сорока верстами выше по Неве, где еще в XVI веке была срублена деревянная церковь в память победы над шведами.

Когда обитель несколько обстроилась, ее стали населять монашествующими. Предложено было сосредоточить в Александро-Невском монастыре лучшие монашеские силы всей России. По спискам, составленным архимандритом Феодосием, царским и сенатским указами вызывались монашествующие из монастырей почти всех епархий.

Александро-Невский монастырь был задуман Петром как образцовый. Здесь он желал претворить в жизнь свою идею «утилитарного» использования монашества для служения миру – он замыслил монастырь как благотворительное, исправительное, учебное и лечебное заведение. Здесь предполагалось устроить приют для увечных и отставных воинов, для инвалидов Северной войны, душевнобольных, устроить при монастыре госпиталь, в котором должны были нести послушание все иноки, а так же учредить лечебно-исправительное заведение для принудительного лечения пьяниц. Эти намерения так и не были осуществлены, к счастью для обители, так как осуществление всех этих проектов противоречило самому смыслу монастыря как источника духовного света и образца праведной жизни, где главное дело монашества – молитва. Со временем в обители открывались службы и подразделения, вызванные жизненной необходимостью распространения служения не только сугубо для монастыря, но и для всей Церкви и тогдашнего общества. В Александро-Невском монастыре в 1720 году возникла типография.

Через два года после окончания Северной войны, 29 мая 1723 года, Петр I посетил вновь устроенный монастырь. В тот же день им было издано постановление: «Обретающиеся во Владимирском Рождественском монастыре мощи святого благоверного великого князя Александра Невского перенести в Александровский монастырь».

Под пушечный салют и колокольный звон рака с мощами была торжественно помещена в освященную к этому событию монастырскую церковь святого Александра Невского.

По окончании строительства главного монастырского храма – собора Святой Троицы, в него были торжественно перенесены мощи благоверного князя и положены в нишу за правым клиросом. Над ними была установлена великолепная серебряная рака, сооруженная в 1752 году по указу Елизаветы и украшенная надписями М. В. Ломоносова. Саркофаг укрыт чеканными барельефами, повествующими о важнейших событиях из жизни святого князя. В 1743 году Елизавета Петровна учредила крестный ход из столичного кафедрального собора в Александро-Невский монастырь. С тех пор ежегодно 30 августа, по окончании литургии все столичное духовенство в белых одеждах, в сопровождении Епископа, с хоругвями и иконами направлялось по Невскому проспекту к обители где торжественно совершало молебен благоверному князю.

В 1922 году монастырь лишился своей святыни.

12 мая 1922 года, в разгар «изъятия церковных ценностей в пользу голодающих», была вскрыта рака с мощами святого Александра Невского.