Петербургская классическая гимназия, где с третьего класса учился Вернадский, была одна из лучших в России. Здесь хорошо преподавались иностранные языки, история, философия. В дальнейшем Вернадский самостоятельно изучил несколько европейских языков. Он читал литературу, преимущественно научную, на пятнадцати языках, а некоторые свои статьи писал по-французски, по-английски и по-немецки. Интерес к истории и философии ученый сохранил на всю свою жизнь.

Владимир Вернадский, несмотря на веселый нрав, живость и внимательность к окружающим, был замкнутым ребенком со сложной внутренней жизнью. У него не всегда ладились отношения с матерью. Иногда приходилось выслушивать справедливые выговоры отца за не слишком усердную учебу и посредственную успеваемость. Что поделаешь! Гимназист Вернадский любил размышлять обо всем на свете, узнавать тысячи сведений и постигать науки не по принуждению, а по свободному движению души.

Стремление учащихся к живой природе не находило официальной поддержки. В классических гимназиях очень мало уделялось внимания наукам о живых организмах, о Земле (школьное геологическое образование до сих пор остается, к сожалению, очень поверхностным). Система обучения, где ведущими предметами были древняя история и древние языки (греческий, латинский), создавала как бы духовный футляр для учеников, изолируя их от общественной жизни и живой природы.

Для гимназистов, серьезно и глубоко интересовавшихся жизнью природы и общества, оставался путь самостоятельной работы, самообучения. Им приходилось преодолевать сопротивление окружающей среды, самим добывать себе «духовную пищу». Это укрепляло их волю и разум, воспитывало самостоятельность.

Позже Вернадский вспоминал: «Странным образом, стремление к естествознанию дала мне изуродованная классическая гимназия, благодаря той внутренней, подпольной, неподозревавшейся жизни, какая в ней шла в тех случаях, когда в ее среду попадали живые талантливые юноши-натуралисты. В таких случаях их влияние на окружающих могло быть очень сильно…»

В сумерках огонь светит ярче, чем днем. И, по словам Вернадского, «жизнь в эпоху тяжелейшей реакции всюду пробивалась сквозь обволакивающий ее густой туман угнетения».

В петербургской гимназии Владимир Вернадский быстро подружился со своими сверстниками. Особенно нравился ему Андрей Краснов — за искренность, ум, самостоятельность. «Овальное, очень смуглое лицо, с ярко блистающими глазами, с оригинальными медленными, но нервными движениями, ясной, красивой речью, залетавшей все дальше и дальше в несбыточные мечты», — вспоминал позже Вернадский своего гимназического друга.

Андрей Краснов мечтал о тропической природе и горячо любил родной край, ярко переживал красоту весны, неба, растений, животных, умел вести точные научные наблюдения. В гимназии он основал энтомологическое общество, объединявшее немногих учащихся, в число которых вошел Владимир Вернадский. На заседаниях общества, не удостоенного вниманием гимназического начальства, самые интересные и содержательные доклады делал Андрей Краснов. Со временем он совершил кругосветное путешествие, стал известным ботаником и географом, основал Батумский ботанический сад.

«Он в своей жизни, как редко кто, остался верен своему молодому плану и провел его до конца без больших изменений». Так писал о Краснове Вернадский. Эти слова он мог бы с полным основанием отнести на свой счет.

Во главе с Андреем Красновым несколько гимназистов (в их числе Владимир Вернадский) весной и осенью совершали экскурсии в пригороды Петербурга: Шувалово, Удельную, Парголово. Там они ловили жужелиц, водяных жуков, наблюдали за насекомыми, собирали гербарии, определяли растения. Во время экскурсий, по признанию Вернадского, им открывался «один из основных источников воспитания и жизни — мир природы».

Увлеченные познанием природы гимназисты не забывали об искусстве, истории, литературе.