Докучаев самостоятельно, с большими трудностями и напряжением своих духовных и физических сил шел по пути познания. Обстоятельства не благоприятствовали ему, выходцу из бедной семьи провинциального священника. По мнению Вернадского, он «представлял во многом self made man'a (человека, создавшего самого себя), умевшего „хотеть“ и достигать своей цели путем личного колоссального труда и путем организации работы других».

Докучаев предложил своему ученику заниматься минералогией и кристаллографией, хотя сам, преподавая эти науки, нашел свое призвание в почвоведении, изучении русского чернозема, а также географии и геологии Европейской России.

Вернадского с детства интересовала общественная жизнь как всей страны, так и тех учреждений, где ему доводилось учиться или работать. В своих детских дневниках он вел хронику текущей гимназической жизни, а также событий общегосударственных (например, процессов над революционно настроенными гражданами или перипетий русско-турецкой войны на Балканах). В университете он вступил в студенческое научно-литературное общество. О том, что интересы этого общества простирались значительно шире вопросов науки и литературы, показывает уже то, что секретарем научного совета общества состоял Александр Ульянов, старший брат В. И. Ульянова-Ленина, впоследствии казненный за участие в покушении на царя.

В университете Вернадский стал членом своеобразного студенческого товарищества, куда входил друг его детства А. Корнилов и такие впоследствии видные ученые, как братья Сергей и Федор Ольденбурги, Д. Шаховский, И. Гревс и другие. Это было действительное братство, главными принципами которого были честность, дружба, взаимопомощь. Профессиональные интересы членов братства были различны: история, философия, литература, естествознание. Но это их не разъединяло, а взаимно обогащало. Верность братству они сохраняли до конца своих дней.

Вспоминая свой жизненный путь, Вернадский особо отметил, что своеобразная общественная моральная оболочка — тесный кружок «братства» — наложила неизгладимый отпечаток на его жизнь.

Моральные принципы братства сложились во многом под воздействием произведений Л. Н. Толстого, его представлений о добре и истине. Толстой написал «Исповедь» и несколько философско-религиозных трактатов, заново перевел Евангелия, полностью исключив из них все чудеса, стремясь придать земные черты образу Иисуса Христа и реалистически описать его легендарную жизнь. Часть верующих была этим возмущена. Православная церковь заклеймила Л. Н. Толстого как безбожника. Однако для многих молодых людей страстные и глубокие мысли Толстого, его неистовое стремление к истине, вера в разум и добро стали поводом к серьезным дискуссиям, размышлениям и сомнениям в правильности тех «истин», которые им втолковывались с детства родителями, священниками, преподавателями гимназий.

Вернадский искренне увлекся учением Толстого и разделял многие его сомнения. Однако Толстой не верил в то, что наука способна удовлетворить стремление человека найти «смысл жизни», примириться с неизбежностью смерти, обосновать высокие моральные принципы. Вряд ли подобные идеи были близки Вернадскому. В отличие от Толстого он всю свою жизнь сохранял веру в научное знание и стремился найти ответ на множество вопросов бытия на основе логического анализа фактов, достоверных сведений о мире и человеке.

Обычно каждый человек в детстве или юности переживает период сомнений, впервые серьезно задумываясь над неизбежностью своей смерти, «тьмы за гробом», по выражению Гамлета, над сложностями бытия, над правдой и ложью, добром и злом. Очень немногие возвращаются к подобным сомнениям позже.