Открывшийся 25 мая 1989 года в Москве Первый Съезд народных депутатов СССР стал необычным, непредсказуемым и увлекательным политическим представлением, и Анатолий Собчак оказался здесь одной из звезд первой величины. Уже первые короткие выступления Собчака на подготовительных предсъездовских собраниях и совещаниях, о которых публика ничего не знала, обратили на него внимание и народных депутатов, и руководства КПСС. А выступления на самом съезде закрепили за ним репутацию искусного, компетентного, независимого и язвительного оратора.

После съезда Анатолий Александрович вошел в МДГ — Межрегиональную (и оппозиционную!) депутатскую группу, возглавляемую Борисом Ельциным и Андреем Сахаровым. Однако и здесь на утомительных фракционных собраниях Собчак сохранял независимость и пытался укрепить связи не только с Ельциным, с депутатами из Прибалтики и из «московской группы», но и с Горбачевым, которого он всерьез рассчитывал привлечь на сторону «демократов» и оторвать от «консерваторов» из Политбюро.

Собчак не хотел видеть в МДГ радикальную политическую оппозицию; для него это был в первую очередь некий политический клуб. Но и Михаил Сергеевич Горбачев не видел в то время в Собчаке политического оппонента и несколько раз прямо на Съезде народных депутатов или на заседании Верховного Совета обращался к нему за юридической консультацией. Не без поддержки Горбачева и А. И. Лукьянова Собчак был избран руководителем специальной комиссии Съезда, которая должна была расследовать кровавые события в Тбилиси 9 апреля 1989 года.

Как известно, эта «грузинская комиссия» возложила главную ответственность за происшедшую трагедию на партийное руководство Грузии и на командование Закавказским военным округом, не обозначив какой-либо ответственности ни Горбачева, ни лидера грузинских националистов Звиада Гамсахурдиа. Бурная дискуссия на Втором Съезде народных депутатов вокруг «тбилисских событий» иной раз вынуждала Собчака подниматься на трибуну. Он был здесь всегда очень эффектен, хотя и не всегда достаточно убедителен. Именно после этого съезда генералы и руководители многих спецслужб прониклись к Собчаку сильной и почти не скрываемой неприязнью.

Анатолий Собчак был очень активен и на заседаниях Комитета Верховного Совета по законодательству, где он возглавил подкомитет по экономическому законодательству и реформам. По предложению Горбачева, все члены правительства, руководители Генеральной прокуратуры и Верховного Суда СССР, а также многие другие высшие чиновники должны были пройти утверждение не только на Политбюро ЦК КПСС, но и на заседании Верховного Совета СССР. Предварительное обсуждение происходило в комитетах, и оно порой было очень острым. Одобрение Верховного Совета не получила примерно четвертая часть кандидатов, и многие из них — именно из-за возражений Собчака. Вместо них прошли другие, менее известные публике, но по большей части и менее компетентные чиновники.

Эта полемика вокруг кадровых назначений вызвала явное охлаждение между Собчаком и Горбачевым, но повысила авторитет Собчака в Верховном Совете и его популярность в стране. При подведении неофициальных политических итогов 1989 года.

А. А. Собчак лидировал по числу выступлений на Съезде и в Верховном Совете, а также по числу полученных в его адрес писем и телеграмм. Даже сам Собчак был удивлен этим потоком посланий с кратким адресом: «Москва. Кремль. Собчаку». По популярности он уступал в январе 1990 года только Борису Ельцину, но опережал его по числу зарубежных поездок и приглашений. Многие западные дипломаты не скрывали, что из российских политиков «второго круга», то есть не состоявших в Политбюро, они считают наилучшими партнерами и собеседниками Вадима Бакатина и Анатолия Собчака.