«Кронштадтское восстание, – гласил орган НКИД, – внушило политическим кругам русской эмиграции мысль о том, что Советская власть доживает последние дни в России». Кризис в Советской России вдохновил белогвардейцев на действия, они рассчитывали получить поддержку со стороны недовольных Советской властью соотечественников. Японцы, пытаясь закрепить свой контроль над Приморьем, 26 мая 1921 г. организовали с опорой на остатки колчаковцев государственный переворот в Приморье. Сторонники ДВР были разбиты. Во Владивостоке к власти пришло правительство С.Д. Меркулова. Дальневосточная республика готовилась к неизбежному столкновению. 27 мая был отдан приказ о приведении НРА «в боевое состояние» в связи с возможным выступлением белогвардейцев. 28 мая Политбюро ЦК было принято решение о направлении на Дальний Восток В.К. Блюхера, который должен был возглавить армию ДВР. Кроме того, ей оказывалась помощь командными, и политическими кадрами, а также необходимым количеством бронепоездов. В конце 1920 года в НРА числилось 35 330 штыков и сабель, 458 пулеметов, 82 орудия, 9 бронепоездов, 8 танков, 7 самолетов и 3 парохода.

28 мая войска Унгерна перешли границу ДВР, в районе Троицкосавска начались тяжелые бои. Советское командование оценило их как попытку отвлечь внимание от Приморья и сочло время удобным для направления собственных войск в Монголию. Основу сил Унгерна по-прежнему составляла Азиатская конная дивизия, но вместе с ополчениями монгольских князей и мобилизованными его силы составляли около 10 тыс. чел. при 37 пулеметах и 21 орудии. Границу с Монголией прикрывала 5-я армия – это были три стрелковые бригады, и всю территорию защитить ими было невозможно. На укрепление 5-й армии были выделены 35-я стрелковая и 5-я кавалерийская дивизии Красной армии. 1-13 июня в боях под Троицкосавском Унгерн был разбит и отступил на территорию Монголии. Для преследования и поддержки монгольских революционеров был сформирован Экспедиционный корпус 5-й армии в Монголии. В его состав вошли две стрелковые бригады, одна кавалерийская дивизия и одна кавалерийская бригада – 7 660 штыков и 2526 сабель, 20 орудий, 215 пулеметов, 2 бронемашины и 4 самолета.

20 июня командарм-5 М.С. Матиясевич отдал приказ о наступлении на Ургу. Красноармейцев предупредили особым приказом – они входят в Монголию не как враги, а как освободители. Это требовало особого поведения: «Мы должны с уважением относиться ко всем обычаям и нравам монгольского народа, должны бережно относиться к их религиозным убеждениям, к их храмам, реликвиям, к их национальным чувствам». Командование армии обратилось и к монгольскому народу: «Наши красные войска будут действовать в полном согласии с Народным революционным правительством Монголии и Народной революционной монгольской Красной армией. Между нашими войсками и монгольским народом не должно быть никакой вражды». В обращении Политуправления РВС войск Сибири к красноармейцам и командирам Экспедиционного корпуса подчеркивалось: «Наша задача только помочь монгольскому народу сбросить со своей шеи ярмо баронского произвола. Когда мы убедимся, что со стороны Монголии нашим границам уже не угрожает опасность со стороны белогвардейских банд, наши войска покинут Монголию». 7 июля 1921 года части Монгольской народной и Красной армии вошли в Ургу. Им удалось разбить гарнизон Унгерна, но основная часть его армии ещё оставалась серьезной по местным условиям силой. 11 июля была провозглашена Монгольская Народная республика.

Осенью 1921 года в Пекин была направлена советская торговая делегация с целью обсуждения условий передачи Китаю Китайско-Восточной железной дороги.