Самым символическим и самым опасным из всех стало восстание в Кронштадте. Положение на Балтийском флоте и в гарнизоне крепости было весьма тяжелым уже в конце 1920 года. В их составе числилось до 50 тыс. чел. Значительная часть революционного элемента была вымыта наборами для фронта в ходе Гражданской войны. Пришедшие по мобилизации молодые матросы принесли с собой настроение деревни. Большая часть кораблей стояла в гавани. Выходов в море почти не было. Концентрация людей на небольшом пространстве, не занятых службой, недовольных снабжением и слабо связанных дисциплиной создавала опасную смесь. Кроме того, после окончания войны масса матросов и солдат ожидала демобилизации. К декабрю около 40 % членов партийной организации флота и Кронштадта вышли из партии. Новый командующий флотом – Ф.Ф. Раскольников – с управлением явно не справлялся. Его попытки подтянуть дисциплину провалились. В конечном итоге даже партийная организация Балтфлота высказала недовольство методами командующего. 23 января 1921 г. Раскольников не нашел ничего лучшего, чем попросить Троцкого о своей отставке. В тяжелом состоянии находилась «колыбель революции» – Петроград. В 1917 г. его население составило 2,42 млн чел., в 1920 оно сократилось до 722 229 чел., число рабочих в городе сократилось на 38,9 %, достигнув 91 229 чел. в августе 1920 г. Основным топливом стали дрова, они занимали 78,9 % потребления топлива в городе. В результате часть заводов стояла, или работала с перерывами. 23 февраля 1921 г. в Петрограде начались забастовки.

25 февраля в городе было введено военное положение. Вводился комендантский час, после 23:00 запрещалось перемещение по улицам без специальных разрешений военных властей. Вводился запрет на «всякие митинги, сборища и собрания как на открытом воздухе, так и в закрытых помещениях, без надлежащего на то разрешения Военного совета». Тем не менее на ряде заводов прошли забастовки, рабочие и работницы вышли на улицы. Демонстрации удалось разогнать с помощью морских курсантов, без применения огнестрельного оружия. В Кронштадте было неспокойно, среди матросов, солдат и рабочих распространялись слухи о расстрелах в Петрограде. В результате уже 28 февраля заволновались экипажи кораблей флота. 1 марта начались собрания моряков на линейных кораблях «Петропавловск» и «Севастополь». Попытка перехватить инициативу не удалась. Приехавшего выступать Председателя ВЦИК РСФСР М.И. Калинина никто не захотел слушать. Как отмечал один из командиров, «…ему почти не дали говорить». Очевидно, на Калинина это произвело впечатление. Через несколько дней он заявил: «Самым ярким проявлением бандитизма является, несомненно, кронштадтское восстание».

К вечеру 2 марта город, порт и корабли флота были в руках восставших. Они представляли из себя плохо организованную толпу из нескольких тысяч матросов, артиллеристов и портовых рабочих. Они избрали Временный революционный комитет во главе с писарем с линкора «Севастополь» анархистом С.М. Петриченко, не проявившим особых организаторских способностей. Лозунгом восставших было установление настоящей Советской власти, свободной от диктата коммунистов. Они начали готовить свободные выборы. Первое обращение Временного Ревкома заканчивалось призывом: «Итак, товарищи, к порядку, к спокойствию и выдержке, к новому честному социалистическому строительству на благо всех трудящихся».

Организация обороны крепости строилась недостаточно эффективно. Офицеров было мало, формально командовавший войсками бывший ген.