В итоге за первый месяц войны германские субмарины пустили на дно более 150 000 т торгового тоннажа, из которого часть приходилась на долю нейтральных, в том числе и скандинавских стран.

В ответ на это командование ВМФ Британии призвало топить немецкие лодки, разбойничающие на морях. Так, шведское судно «Гун» в Северном море едва не протаранило субмарину U-3 под командованием капитан-лейтенанта Йоахима Шепке. Однако в итоге шведское судно было потоплено.

14 сентября 1939 г. подводный флот Германии понес первую боевую потерю. Подлодка U-39 под командованием капитан-лейтенанта Герхарда Глаттеса обнаружила авианосец «Арк Ройял», несший службу ПЛО в 150 милях от Гебридских островов, и выпустила по нему три торпеды, которые взорвались, не достигнув судна. Вскоре U-39 была контратакована тремя эсминцами, сопровождавшими авианосец. Лодка пошла ко дну, а ее команду вытащили из воды и под охраной разместили на борту авианосца.

Три дня спустя U-29 под командованием капитан-лейтенанта Отто Шухарта, действовавшая в 200 милях к западу от Ирландии, атаковала и потопила английский авианосец «Корейджес» (18 600 брт), на борту которого было 830 военнослужащих и 24 самолета. Вместе с авианосцем погибла большая часть команды (518 человек). Этот первый реальный боевой успех немецкого подводного флота был щедро отмечен командованием: офицеры и матросы получили по Железному кресту 2-го класса, а командир Шухарт был удостоен сразу крестов 1-го и 2-го классов. Эти трагические события заставили англичан отказаться от использования авианосцев в системе противолодочной обороны коммуникаций. Предпочтение было отдано усилению корпуса авиации береговой обороны. Авианосцы же на протяжении всей войны использовались в составе конвоев.

Но одновременно с успехами подлодок росла и цена, которую приходилось платить подводникам. Союзные конвои стали обходить районы крейсирования подводных лодок. Это привело к тому, что командование подводными силами Германии стало в поисках добычи отправлять лодки к британским морским базам, где была сильна противолодочная оборона, что часто приводило к обнаружению и гибели немецких субмарин. Охота на конвои и одиночные суда становилась все более рискованной, причем самым опасным противником для немецких подводных лодок стала авиация союзников.

Не менее эффективно действовали и надводные суда: 19 сентября подлодка U-27 под командованием корветтен-капитана Йоханеса Франца была обнаружена британскими эсминцами «Форестер» и «Форчун», которые забросали ее глубинными бомбами. Лодка погибла, а вся команда попала в плен.

Борясь с подводными лодками, Адмиралтейство отдало приказ ставить минные заграждения на подходах к своим базам и портам — у восточных берегов метрополии, на Фарерско-Исландском пороге и в Дуврском проливе. 13 октября 1939 г. здесь на мине подорвалась и погибла U-40 под командованием корветтен-капитана Вольфганга Бартена. Из 41 члена экипажа удалось спастись только троим…

В борьбе против германских субмарин ВМФ Британии пытался использовать и собственные лодки, но это оказалась малоэффективно, а однажды привело и к трагическим последствиям. 10 сентября британская лодка «Окслей» во время патрулирования в противолодочной зоне совершила грубую ошибку в определении своего местоположения, в результате чего попала в район действий соседней лодки «Тритон», которая «обнаружила врага» и произвела торпедную атаку. «Окслей» затонула, став первым английским военным кораблем, погибшим во Второй мировой войне.