Афонсу ди Албукерки получил особое задание, после принятия военных и религиозных мер обеспечения португальского влияния на Сокотре, отправиться в северную часть Индийского океана, исследовать аравийское побережье и захватить расположенные там важные опорные пункты магометан. В знак своего высокого монаршего благоволения король вручил будущему губернатору Индии драгоценное знамя из белого шелка с нашитым на него красным крестом рыцарей Христа. С тех пор полученный от дома Мануэла «тамплиерский» стяг гордо реял над головой Албукерки во всех данных им врагам Креста сражениях, а по прошествии шестидесяти лет сопровождал, выцветший и превратившийся почти в лохмотья, прах Албукерки домой, в родную Португалию…

Кормчим флагманского корабля дома Афонсу «Сирни» («Кружок») был назначен Диаш ди Солиш, который, однако, незадолго до отплытия убил свою супругу и бежал, спасаясь от суда, в Испанию, с распростертыми объятиями принимавшую всех португальских перебежчиков (особенно — знакомых с морским делом). Зачисленный на испанскую службу, женоубийца впоследствии открыл «Серебряную реку» — Рио де Ла Плата — в Новом Свете, вписав свое имя в мировую историю уже не кровавыми, а, так сказать, серебряными буквами.

Между тем Афонсу, сгорая от нетерпения, ждал нового кормчего на замену ди Солиша. Кроме того, не хватало подходящих людей для команд ждавших отплытия за море кораблей. Ибо всю весну 1506 года в Лиссабоне свирепствовала «моровая язва». Албукерки опасался, что ему придется оставить на берегу чуть ли не половину завербованных им в столице Португалии людей, поскольку никто не хотел пускаться в плавание на одном корабле с лиссабонцами, подозревая в каждом из них потенциального разносчика заразы.

Утром 5 апреля дом Триштан да Кунья вышел в море. На следующий день Албукерки, так и не дождавшись нового кормчего для своего флагмана, также велел поднять паруса. «Я полагал, что способен сам довести свой корабль до Индии не хуже всякого кормчего» — писал он в своем отчете королю. Вечером того же дня флагман Албукерки нагнал уже вышедшую в море эскадру.

Плавание не было ни мирным, ни счастливым. Албукерки и да Кунья отбыли из Португалии друзьями, но, когда они расставались у берегов Сокотры, их дружеские, гармоничные взаимоотношения были уже в прошлом. «Была ли моя, или Ваша, вина в том, что во время нашего совместного плавания между нами возникла вражда?» — писал дом Афонсу через несколько лет дому Триштану да Кунье. Очевидно, Албукерки был склонен возложить вину за испорченные отношения на последнего. Как бы то ни было все дошедшие до наших дней документы того времени свидетельствуют о том, что Албукерки никогда не искал ссоры со своим родственником и всегда беспрекословно подчинялся тому, как командующему флотом.

Упомянутая «вражда» началась из-за «потенциальных носителей инфекции», оставленных другими капитанами в Лиссабоне на «карантин». Албукерки принял их всех на борт, ибо полагал, что в сложившихся обстоятельствах каждый человек на счету. Он по всей форме рапортовал да Кунье, нельзя ли распределить людей, взятых им на борт «Сирни», по разным кораблям эскадры, поскольку на флагмане недостаточно провианта для такого количества едоков. Однако у командующего флотом были, в отношении «носителей заразы», совсем иные планы. Он намеревался высадить их всех на берег острова Бесегиш (ныне — Палма), к югу от Зеленого Мыса — Кабу Верди, близ побережья Западной Африки, где эскадра должна была запастись свежей водой. В связи с этим различием во мнениях разгорелась долгая словесная перепалка, принявшая весьма резкие формы, пока да Кунья, наконец, не уступил (но затаил обиду на Афонсу).

Хуже было другое. Из-за частной каравеллы Триштана не поспевавшей за другими кораблями, не удалось вовремя обогнуть мыс Доброй Надежды на самой нижней оконечности Южной Африки.