Особого расцвета Служба достигает при Борисе Годунове, сын которого, генерал-полковник Федор Борисович Годунов, вот уже на протяжении трех веков бессменно возглавляет Управление Специальных Операций. Это было время самых значительных успехов с момента основания Службы на Руси. Было раздавлено восстание, возглавляемое оборотнем-берендеем Косолапом. Была построена звонница Иван Великий, бывшая фактически громадным оберегом от нечисти. Из состава стремянного полка и сидельцев были выделены две специальные сотни, названные «Белый полуполк», в дальнейшем превратившийся в группу оперативного обеспечения Службы. Были налажены связи с турецкими Sipah Peygamber, и многое другое, о чем умалчивала официальная история.

После того как был отыскан последний потомок князей Чистой Крови, известный под именем Дмитрия I, Борис Годунов ушел в Соловецкую обитель, где и принял схиму. Федор Борисович Годунов был отправлен на обучение: сперва в Южную Америку, а затем в Тибет и Японию.

Гибель Дмитрия поставила Русь в крайне тяжелое положение. Власть в стране захватил Шуйский, являвшийся симбиотом королевы-подгребина. Отчаянное положение, сложившееся в связи с этим, вынудило Службу активно вмешаться в политическую ситуацию в стране. Сопротивление симбиоту оказали охотник Иван Болотников, кличка Ладья, и защитник Прокопий Ляпунов, кличка Резанец. Однако подгребин сумел зачаровать Резанца, после чего Болотников был захвачен в плен, подвергнут ритуальному ослеплению и принесен в жертву с целью вызова охотника на охотников. Именно к этому периоду относится первая и единственная попытка Службы наладить связь с Каббалой. Тогдашний глава приказа Специального Розыска — князь Дмитрий Пожарский — вышел на контакт с нижегородским цадиком, резником Минкиным, который принял активное участие в борьбе с вурдалаками высшего вампира Лисовского, оборотнями Лжедмитрия (Второго) и другими исконными врагами. Общими усилиями Службы и Каббалы нарождавшееся на Руси царствие нечисти было уничтожено, однако сразу же возникли противоречия между недавними союзниками. В результате краткого, но крайне напряженного столкновения Каббалы и Службы были убиты Дмитрий Пожарский, цадики Минкин и Исраэль Саруг, а сама Каббала на территории Русского государства была запрещена более чем на полтора века.

При Алексее Михайловиче Тишайшем, который не был охотником, но был, вероятно, одним из лучших в истории защитников, Служба получила новое название: «Тайный Государев приказ». Единственным громким успехом в тот период было уничтожение высшего вампира, принявшего облик польского магната Иеремии Вишневецкого, однако именно это время характеризуется как одно из наиболее спокойных и стабильных в работе Службы. Короткое царствование сына Алексея Михайловича Федора ознаменовалось установлением и закреплением контакта с экстернальным существом — Бабой Ягой. Уровень подготовки тогдашних научно-исследовательских групп не позволил провести широкомасштабные исследования данного создания, однако было с максимальной достоверностью установлено, что Баба Яга не несет никакой угрозы для человека и иногда может быть использована в качестве «оракула», знающего ответы на любые вопросы.

В правление Петра I Служба получает новое название: «Обер-лейб-оппозицион-безгейштарц-коллегия» — «Высшая придворная коллегия противодействия нечистой силе», и активизирует свои зарубежные контакты.