Очень сложной оказалась работа Службы в течение восемнадцатого столетия из-за многочисленных переворотов и еще более многочисленных заговоров. Слишком часто в такие комплоты вовлекались представители самой разнообразной нечисти и черных магов. Особенно много хлопот Службе доставила кицуне, известная под именем Тараканова. Несколько защитников и один охотник погибли, пытаясь ее остановить, а другой охотник — Алексей Орлов — подпал под ее влияние и сам чуть не учинил государственный переворот, в последний момент остановленный вмешательством святого Сергия Шухтомского. С большим трудом Службе удалось уничтожить черного подменыша, который пребывал в заключении, приняв на себя личину Иоанна VI. Но самой знаменитой, хотя, к сожалению, и неудачной, операцией Службы в восемнадцатом веке принято считать попытку объединения с Мальтийским орденом Иоаннитов. В короткий период единства расширившейся и усилившейся Службе, получившей при Павле I наименование «Обер-коллегии по делам веры и благочиния при Его Императорского Величества собственной Тайной Канцелярии», от нечисти были полностью очищены Урал, Малороссия, Таврия, Крым и Прибалтийские губернии. Гибель императора Павла, свершенная по прямой указке охотника на охотников, поставила вопрос о самом существовании Службы, и лишь ценой неимоверных усилий удалось нейтрализовать последствия этого поражения.

Девятнадцатый век начался с борьбы Службы вместе со многими аналогичными структурами против неистового корсиканца, поставившего себе на службу не одного представителя потустороннего мира. Среди маршалов Наполеона имелся самый настоящий фавн, в его армии вольготно чувствовали себя различные оборотни, порой — весьма экзотические, было несколько вампиров, а мелкую нечисть имело смысл считать на сотни.

Пока кампании шли вне территории России, сотрудники Службы не имели возможности проявлять себя особенно активно. Все изменилось после того, как корсиканец привел свои легионы на подконтрольную Службе территорию. Охотники «Малюта» Скуратов, Денис «Малыш» Давыдов, Александр «Зверь» Фигнер, Федор «Гомер» Глинка; защитники Алексей «Лев» Ермолов, Александр «Шерхан» Кутайсов — вот далеко не полный перечень сотрудников Службы, прославившихся в той войне. Ход кампании широко известен. Отметим лишь, что под Смоленском охотниками Службы был убит грант, «Малыш» Давыдов со своей группой уничтожил и захватил живьем более полутора десятка терриантропов, а «Зверь» Фигнер лично упокоил королевского вампира и троих уводней.

После Отечественной войны Служба оказалась на хорошем счету у императора, который, хотя и не был в ее составе и практически не интересовался ее делами, не жалел средств на обеспечение, привлечение и обучение новых сотрудников и новые научные разработки. Однако в это же время среди молодых сотрудников Службы в очередной раз возникло движение с целью воздействия на политику государства, как внутреннюю, так и внешнюю. Возглавил это движение молодой, подающий надежды охотник Павел «Гусар» Пестель, которому удалось привлечь на свою сторону еще нескольких охотников, многих молодых защитников и научников. Результатом этого заговора стало выступление на Сенатской площади, которое едва не стало приговором для Службы в целом.

После неудачного восстания службу возглавил выдающийся защитник, граф Александр Христофорович Бенкендорф, хорошо зарекомендовавший себя еще во время войны с корсиканцем.