Следует отметить, что процесс проникновения христианства в Центральную Азию начался сразу после распятия Иисуса Христа. Уже святой апостол Фома проповедовал здесь Евангелие по пути в «страны индийские», подтверждением этому может служить тот факт, что индийские общины до новейших времен называли себя «христианами апостола Фомы». Очень интересен и тот факт, что в государстве гуннов-эфталитов, а оно охватывало в V–VI веках едва ли не всю Центральную Азию, христианство было объявлено даже государственной религией. Так, идеологическим основанием для союза эфталитов и армян в борьбе с зороастрийской Персией служило именно единство веры. Христианство, однако, не стало в этом случае общенародной религией и мирно уживалось с буддизмом, огнепоклонничеством и племенными культами.

В Центральной Азии действовали следующие митрополии: Мервская (кафедральный центр в Мерве, современный г. Мары, Туркменистан); Самаркандская, объединявшая общины Маверонахра (междуречье Амударьи и Сырдарьи, современный Узбекистан); Винкердская (центр в Винкерде, ныне городище на границе Ташкентской и Сырдарьинской областей); Невакетская (центр в Невакете, который был одной из столиц Тюркского каганата, в данный момент — это городище близ поселка Красная Речка в Кыргызстане). Невакетская митрополия объединяла общины Семиречья (современный Кыргызстан и Западный Казахстан). В XI веке Невакетская митрополия простирала свое влияние на громадную территорию нынешнего Казахстана, земель Восточного Туркестана и отдельных районов Сибири. Здешний церковный иерарх носил титул митрополита Невакетского и Кашгарского (по городу Кашгару в Восточном Туркестане, бывшему столицей государства кара-киданей).

Появление ислама в начале X века в Синьцзяне связано с политикой династии Караханидов, которая в середине IX века создала на территории Средней Азии и Синьцзяна, где проживали тюркоязычные национальности, свое государство. Караханиды провозгласили ислам на этих территориях господствующей религией и развязали против буддийского государства Юйтянь «священную войну». В результате Юйтянь пал, и сюда пришел ислам. Династия Караханидов на этом не остановилась и объявила войну уйгурам Гаоча-на, которая закончилась для нее поражением.

В начале XIII века Синьцзян вошел в состав улуса Чагатая, а в 1346 году правитель улуса Туглук Тимур принял ислам, став здесь первым могольским ханом-мусульманином. Затем последовал процесс «исламизации» Синьцзяна, зачастую насильственными методами, и к началу XVI века Тур-фан и Хами вошли в сферу влияния этой религии.

В конечном итоге мусульманство стало на территории Восточного Туркестана главенствующей религией. Буддизм и даосизм потеряли свое влияние, а зороастризм, манихейство и несторианство исчезли совсем. Между тем со времени начала правления династии Мин (1368–1644) в Синьцзяне приобрел весомое значение тибетский ламаизм (форма буддизма), а с приходом к власти династии Цин (1644–1911) буддизм и даосизм снова обрели здесь своих сторонников, возродив свойственную для Синьцзяна обстановку веротерпимости.

Что следует отметить в отношениях китайского государства и Синьцзяна? Можно ли утверждать, что ханьцы, как титульная нация империи, как-то по-особому агрессивны по отношению к народам, живущим по окраинам Китая? Вовсе нет. Посмотрите сами. Периоды протектората собственно ханьского Китая над Синьцзяном могут быть отнесены к временам династии Тан и к нынешним временам. К примеру, в период могольского (т. е. явно иноземного) владычества Синьцзян находился на привилегированном положении в империи. Мины, коих можно считать за ханьскую династию (впрочем Цины считали Минов юаньским домом — «Мины были юаньским народом») относились к Синьцзяну вполне индифферентно.