Жорес еще студентом горячо поддерживал антиклерикальные меры Жюля Ферри. Он ненавидел клерикализм всю жизнь, беспощадно раскрывая его самые изощренные махинации. Именно он разоблачил иезуитскую доброту Льва XIII, вспомнившего вдруг о страданиях рабочих. Антиклерикализм Жореса стал еще сильнее, когда он примкнул к социализму, ибо церковь сразу оказалась злейшим врагом социализма, хотя и прикрывалась порой проповедью христианского псевдосоциализма.

И все же Жорес считал, что религия не такое простое дело, как это показывал его современник Лео Таксиль, остроумно изобразивший в своих нашумевших книгах историю религии и ее догматы в виде наглого и забавного жульничества. Жорес даже как-то стеснялся говорить о христианстве на ходу, он считал невозможным разделаться с ним простой схемой или фразой. Жорес, как никто другой, хорошо знал, что двухтысячелетняя история христианства тесно переплетается с прогрессивным развитием цивилизации, что религия не только боролась против свободной мысли, но вынуждена была насаждать грамотность, книгопечатание. Величайшие произведения мировой литературы и искусства воплощались в религиозных образах. Облик мадонны был для него не только иллюстрацией к религиозной легенде, но и глубоко жизненным символом реального чуда существования рода человеческого, а мученический образ Христа казался ему олицетворением тяжких мучений многих поколений тружеников, римских рабов или современных ему пролетариев, покорно идущих крестным путем каторжного труда, унижений и несправедливости. Жорес находил в канонической литературе, в произведениях отцов церкви, в трудах таких христианских мыслителей, как Фома Аквинский, этические принципы, близкие к его собственным моральным устоям. Жорес был знатоком такого рода книг; он постоянно обращался к ним, критически осмысливая корни и сущность христианского вероучения.

Даже в разгар ожесточенных схваток с клерикалами Жорес указывал на противоречивую, двойственную природу религии. Настаивая на отделении церкви от государства, он говорил:

— Христианство одновременно сковало и расковало человека, привязывая его к формам абсолютизма и возбуждая в нем смелость чудесной мечты, путая абстрактную логику сложной комбинацией мученика и палача, интеллектуального рабства и страстного порыва, инквизиторской жестокости с мистической нежностью, сочетанием сияния утренней звезды с мрачным пламенем костра.

Он сравнивал религию с песней, которая убаюкивала человеческое горе. И он думал, что нелепо считать эту песню пустой выдумкой корыстных людей, что эта колыбельная песня, звучащая две тысячи лет, соответствует каким-то объективным потребностям человека в утешении, откровении, милосердии, в исповеди и приобщении. Жорес восхищался чудесными образцами церковной архитектуры, которых так много во Франции, но он же и говорил, что Христа выгнали бы из этих храмов, если бы он там заговорил. Однако он помнил старинную поговорку, что «черт издавна строит лучшие церкви»: он знал, как нагло клерикалы используют моральные ценности христианства для обмана масс, для поддержания несправедливого и жестокого строя частной собственности.

И все же Жорес выступал за необходимость религии как формы общности человека с окружающим миром, как выражения смысла человеческой жизни, как воплощения его идеалов.