Республика утвердилась, а некогда воинственные республиканцы вроде Леона Гамбетты стали умеренными, а точнее, консервативными. Жюль Ферри, один из таких республиканцев, провозгласил в качестве руководящего принципа республики «дух меры и практического благоразумия». Однако это еще не могло поколебать пылкого республиканизма французской молодежи. Напротив, именно тогда Жорес усвоил непоколебимое уважение к республике, которое он сохранит до конца своих дней, правда, сочетая его впоследствии с идеологией социализма. Дело в том, что в эти годы интенсивного духовного формирования Жореса проводятся реформы, во многом завершившие дело Великой французской революции. Серия декретов утверждает и регламентирует буржуазно-демократические права и свободы. День взятия Бастилии — 14 июля — провозглашается национальным праздником, а «Марсельеза», за пение которой еще недавно грозила тюрьма, — национальным гимном. Республика наносит суровые удары по клерикализму. Надо было ограничить власть клерикалов, которые контролировали народное образование, а вернее, держали народ в невежестве. Католические ордена (конгрегации): иезуиты, барнабиты, капуцины, доминиканцы, кармелиты, бенедиктинцы, эвдисты, базилианцы, августинцы, облаты, отцы святого лица, тринитарии и т. п. — опутывали своими сетями сознание народа. Школы и университеты служили орудием в руках римско-католической церкви. Лидер умеренной фракции республиканцев Жюль Ферри возглавил борьбу за светскую школу. Его декреты изгоняли из школ отцов иезуитов и других божьих пастырей. В то время Жорес вряд ли понимал, что реформы Ферри лишь укрепляли господство буржуазии. Он видел в школьных реформах торжество идеалов демократической республики, которые всецело владели его умом. Борьба за светскую школу вызвала во Франции, считавшейся «старшей дочерью» апостольской римской церкви, бурное волнение. Клерикалы собирали миллионы подписей протеста. Они пытались силой препятствовать осуществлению декретов. Вместе со всей Францией волновались и студенты Нормальной школы.

Среди них большинство поддерживало борьбу против клерикалов. Другие, те, что ходили к мессе, не менее горячо осуждали ее. Много было индифферентных, относившихся равнодушно к идейным и политическим распрям. Жорес оказался вне всех этих трех групп. Действия Жюля Ферри он считал правильными, поскольку уже давно стал атеистом, а занятия с аббатом Сежалем дали ему достаточно ясное представление о характере церковного просвещения. Но его больше привлекала позитивная сторона декретов, утверждавших свободу совести, слова. Поэтому он не считал правильным подавление и принуждение кого бы то ни было, даже клерикалов. В разгар борьбы газеты стали нападать на профессора Эколь Нормаль Оле-Лапрюна, ярого клерикала, отстраненного по этой причине от должности. Утверждалось, что студенты школы не испытывают к нему симпатии из-за его религиозных убеждений. Жорес написал письмо в газету, которое было напечатано и вызвало шум. Он считал, что профессор имеет право свободно высказывать свои взгляды, каковы бы они ни были. Первые строчки Жореса в газете свидетельствуют, что соблюдение абстрактных принципов свободы совести и слова имеет для него приоритет по сравнению с существом борьбы.

Что же особенно привлекало молодого Жореса, чему он с удовольствием отдавал свободное время? Его сверстники увлекались кто чем мог. Ханжи ходили на торжественные богослужения в Нотр-Дам или Мадлен, другие предпочитали оперу, третьи — дешевые кафешантаны и общество девушек, иные любили бега на ипподроме в Лоншане. Жорес раз в неделю сменял домашние туфли на ботинки и тоже отправлялся в город. Его путь лежал в палату депутатов или в сенат, благо они находились недалеко от школы.