К моменту подписания советско-монгольского протокола военные столкновения между японо-маньчжурскими и монгольскими войсками продолжались. «Правительство МНР не раз выступало с заявлениями по поводу участившихся нападений на нашу территорию со стороны японо-маньчжурских войск, — говорилось в ноте правительства Монгольской Народной Республики, направленной 30 марта 1936 года правительству Маньчжоу-Го. — Однако, на словах выступая за мир, ваша сторона не прекращает провокационные действия на нашей границе, еще более накаляет и без того напряженную обстановку».

Но правительство Японии продолжало наращивать агрессивные действия в регионе. В июле 1937 года, спровоцировав инцидент у моста Лугоуцяо близ Пекина, Япония начала крупномасштабную агрессию против Китая. В июле-августе 1938 года в районе озера Хасан произошло столкновение между японскими и советскими войсками, закончившееся поражением японских частей. Осенью того же года Генеральный штаб японской армии приступил к разработке плана войны против СССР, получившего кодовое название «План операции № 8». Этот план имел два варианта: «А» («Ко») — нанесение главного удара на восточном направлении против войск СССР в Приморье, и «Б» («Оцу») — нападение на СССР там, где он не ожидает, — на западном направлении, через Монголию (Японские слова «Ко» и «Оцу» означают соответственно «первый» и «второй». — В.Д.). Для этого на территории Маньчжурии и Внутренней Монголии спешно строились железные и шоссейные дороги, аэродромы. 25 апреля 1939 года Генштаб японской армии, оценив военно-политическое положение в Европе, где Германия готовилась к началу Второй мировой войны, направил в войска так называемые «Принципы разрешения приграничных конфликтов между Маньчжоу-Го и СССР». В четвертом параграфе этого документа было записано: «В случае, если граница не ясна, военному командованию необходимо определять границу по своему усмотрению и избегать ненужных конфликтов».

15 мая 1939 года правительство Маньчжоу-Го направило ноту правительству МНР, в которой отмечалось: «Начиная с 11 мая 1939 года солдаты Внешней Монголии (Монгольская Народная Республика. — В.Д.) неоднократно вторгались в район Номон-Хан (речь идет о районе реки Халхин-Гол. — В.Д.). Наши пограничники вынуждены были открыть огонь и отогнать их обратно, однако солдаты Внешней Монголии все еще, видимо, продолжают находиться в указанном районе. Правительство Маньчжоу-Го выражает при этом правительству МНР самый строгий протест против этих незаконных действий и одновременно требует отозвать свои войска, чтобы установить нормальные условия границы».

Правительство Монгольской Народной Республики, в свою очередь, считало виновными в нарушении границы японские и маньчжурские войска. Оно представило ряд документов Н.В.Фекленко, который после их изучения сообщал в середине мая в Наркомат обороны СССР: «Документы найдены, где указывается в точности граница, по картам и живыми людьми, которые в свое время отмечали границу. Найдена карта от 5 июля 1887 года, составленная в результате разрешения пограничных споров между баргутами (монгольское племя. — В.Д.) и халхасцами (монголы). Этот спор продолжался около 5 лет и в результате проведена граница. На карту наклеена легенда на маньчжурском языке, заверена начальником маньчжурской династии… Таким образом, все события происходили не на маньчжурской территории, а на территории МНР».