Командующий Первой воздушной армией генерал-лейтенант Худяков направил Никите Сергеевичу личное письмо, в котором сообщил: предпринятые меры по поиску самолёта Леонида с воздуха и на земле, с помощью партизан — воздушный бой произошёл над территорией, временно оккупированной врагом, — положительных результатов не дали. Не обнаружили обломков самолёта Л. Хрущёва, его самого также не нашли в освобождённых населённых пунктах этой местности или партизанских отрядах. Посчитали, что гвардии старший лейтенант Леонид Никитович Хрущёв пропал без вести.

В той обстановке органы госбезопасности и военная контрразведка вполне могли выдвинуть версию о пленении лётчика Леонида Хрущёва немцами. Однако версию широко не обнародовали: по причинам занимаемого его отцом положения в стране и связанным с деятельностью спецслужб, никогда не афиширующих своей работы. Чекисты могли доложить о случившемся лично Иосифу Виссарионовичу Сталину — в руках противника, возможно, оказался сын одного из высокопоставленных партаппаратчиков, которому известны многие секреты высших эшелонов власти в СССР и подноготная личной жизни его руководителей.

Согласно одной из существующих версий, из Кремля отдали приказ принять все меры к освобождению попавшего в плен сына Никиты Сергеевича. Операцию якобы возглавлял генерал-лейтенант П. А. Судоплатов, отвечавший за разведывательно-диверсионную работу в тылу врага. Была подготовлена спецгруппа диверсантов, которая совместно с партизанами осуществила нападение на лагерь военнопленных, где содержался Л. Хрущёв, и освободила его, а затем на самолёте доставила в Москву. По законам военного времени контрразведка провела тщательную проверку, и в её ходе в руки госбезопасности попали документы, указывающие на предательство Л. Хрущёва. Это подтвердили собранные чекистами свидетельские показания. Дело передали в трибунал Московского военного округа, который приговорил лётчика к расстрелу. Хрущёв слёзно просил Сталина помиловать сына, но тот отказал, и приговор привели в исполнение.

В отличие от фактов донесений командования полка и письма генерал-лейтенанта Худякова это только слухи. По другой, ещё более жёсткой версии, Л. Хрущёва выпустили из лагеря сами немцы, и он за предательство был казнён партизанами: повешен в назидание другим иудам.

Обращает внимание, насколько сильно, согласно этой гипотезе, был заинтересован в спасении сына будущего генсека суровый «вождь народов». Почему он не проявил такой заботы о собственном сыне? За своим сыном Сталин мог послать любую спецгруппу или обменять его на ряд высших офицеров вермахта. Но он этого не сделал. Зато приказал немедленно вытащить из плена сына Хрущёва. В подобное сложно поверить. Опубликованные в конце XX века мемуары бывшего генерал-лейтенанта КГБ Павла Анатольевича Судоплатова «Разведка и Кремль» проливают некоторый свет на эту историю. П. Судоплатов пишет, что Сталин лично принял решение считать Леонида Хрущёва погибшим при выполнении боевого задания. Это подтверждает Указ Президиума Верховного Совета СССР, которым 17 сентября 1943 года старший лейтенант Леонид Хрущёв посмертно награждён орденом Отечественной войны II степени.

Есть и другая загадка: несмотря на указание Сталина и награждение Леонида посмертно орденом, его официальная жена Любовь Сизых была репрессирована в июле 1943 года. Позднее, правда, говорилось, что это никак не связано с Леонидом. Почему заботливый семьянин Н. С. Хрущёв не принял никаких мер для защиты или хотя бы облегчения участи невестки? Неофициальная жена его старшего сына Эсфирь Этингер и внук Юрий нисколько не пострадали: их Никита Сергеевич постоянно опекал. Это оставшаяся нераскрытой тайна. Остаётся неразрешимой загадкой, отчего Никита Хрущёв, уже став Генеральным секретарём ЦК КПСС, не предпринял никаких мер по защите памяти своего старшего сына.