Правда, если поверить Вальтеру Шелленбергу, написавшему свои мемуары после окончания войны, в период работы по ликвидации «Красной капеллы» Мюллер сумел войти в тайные и довольно тесные контакты с представителями советской разведки и заручился их «индульгенциями» об отпущении грехов. А затем, когда Третий рейх прекратил своё существование, перешёл на службу к Советам и был тайно вывезен в Москву, где скончался в 1948 году. Документальных подтверждений эта, высказанная Шелленбергом, версия не имеет. Хотя от профессионалов типа Генриха Мюллера, живущих в своём, зачастую совершенно непонятном непосвящённым мире, со своей системой ценностных ориентации и понятий о добре и зле, можно ожидать, в принципе, чего угодно. С советской стороны, в таком случае, с ним имели дело аналогичные профессионалы.

Зная исполнительность и отличные организаторские способности Мюллера, а также его гигантскую работоспособность, осенью 1942 года рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер поручил начальнику IV управления РСХА создать систему собственных концлагерей для уничтожения евреев. Мюллер и на этом поприще показал себя исполнительным служакой — он даже специально ездил в Рим, чтобы и там наладить эту работу, аналогично Бельгии, Голландии и Польше.

Гитлер высоко ценил Мюллера как человека, сумевшего создать совершенный, чётко отлаженный, практически не дававший сбоев аппарат всеведущей тайной полиции. На оккупированных территориях сотрудники гестапо методично и профессионально раз за разом выявляли очаги сопротивления и ликвидировали их. Так, на территории СССР неоднократно были наголову разгромлены подпольные организации коммунистической партии в Минске и Киеве, созданные для руководства партизанским движением и организации сопротивления захватчикам. Подпольные обкомы и райкомы восстанавливались, но гестапо и абвер вновь и вновь методично уничтожали их вплоть до единого человека, входившего в организацию. В самой Германии Мюллер сумел создать систему тотального стукачества и шпионажа.

Естественно, по роду своей служебной деятельности и в силу занимаемого положения Генрих Мюллер, имевший чин генерал-лейтенанта СС, был допущен до очень многих государственных тайн Третьего рейха — например, он отлично знал о разработках новых видов вооружений, создании тайников и тайных баз на территории Германии и за её пределами, о секретных научных проектах, переводе средств за границу, создании фиктивных счетов во многих банках мира, вывозе ценностей и ещё многом и многом другом. В конце войны, вернее, в её последние недели, Генрих Мюллер практически постоянно находился в фюрербункере под рейхсканцелярией в Берлине. Когда из бункера сбежал муж сестры Евы Браун, эсэсовский генерал Герман Фегелейн, поймать его и допросить Адольф Гитлер поручил не кому-нибудь, а именно Генриху Мюллеру. Тот выполнил поручение. В результате Фегелейна расстреляли.

По данным некоторых историков, Фегелейн сбежал из бункера с сумкой, полной драгоценностей. Так это или нет, с полным основанием утверждать трудно. Однако вернули его в бункер якобы уже без сумки.

Насколько известно, Генрих Мюллер, подобно Мартину Борману, всегда любил оставаться в тени. Он не посещал шумных приёмов и многих официальных мероприятий, практически никогда не фотографировался и тому подобное. Поэтому совсем не удивительно, что он как-то незаметно исчез из поля зрения практически всех без исключения — и своих и чужих, — то ли в последних числах апреля, то ли в первых числах мая 1945 года. Конечно, за полную точность ручаться трудно, учитывая, какая в Берлине царила обстановка и что творилось в неразберихе осаждённого горящего города, где шли ожесточённые уличные бои.

Дальнейшая судьба шефа гестапо остаётся тайной. Позднее некоторые немецкие офицеры, вернувшиеся в Германию из советского плена, официально заявляли, что Мюллер, якобы, находился в Москве, и они его там видели.