В 1926 году в Германии образовалась авиакомпания «Люфтганза», и Баур сумел попасть в её лётный состав. В том же году, по рекомендации некоторых приятелей, Ганс вступил в Национал-социалистическую рабочую партию Германии.

Воздушная трасса, которую обслуживал самолёт, пилотируемый Гансом Бауром, пролегала на линии Берлин — Мюнхен и бывший обер-лейтенант не раз видел среди своих пассажиров, расположившихся в салоне, первых лиц национал-социалистической партии. Очень часто по разным своим делам и выполняя поручения фюрера летал в Мюнхен из Берлина и в Берлин из Мюнхена будущий рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер. Он-то и приметил старательного и умелого пилота, а потом навёл о нём справки.

В 1932 году, когда власть уже была близка, именно глава «чёрного ордена» Генрих Гиммлер и порекомендовал Адольфу Гитлеру в качестве личного пилота отставного обер-лейтенанта Ганса Баура. Фюрер согласился и стал регулярно летать на самолёте, пилотируемом Бауром, по всей Германии, выступая с предвыборными речами. Работа Ганса очень понравилась Гитлеру, да и сам пилот ему импонировал, поэтому он вскоре предложил ему стать его личным шеф-пилотом. Баур с радостью согласился. Тогда это казалось ему пределом мечтаний — стать личным пилотом канцлера Германии и фюрера национал-социалистической партии! Став личным пилотом Гитлера, Баур одновременно стал и шефом правительственного авиаотряда.

Последний полёт с Гитлером на борту Ганс Баур совершил на самолёте «Кондор» в декабре 1944 года, когда ставку фюрера перенесли из Растенбурга в Берлин.

— Насколько мне известно, более фюрер не летал, — позднее заявил на допросе Баур.

В конце того же года Баур получил указание отправиться на знакомый ему аэродром под Мюнхен.

— Я хочу, чтобы вы испытали новую машину, — сказал ему Гитлер. — Мне важно знать ваше мнение.

Испытывать предстояло новый тип самолёта Ю-290, на который сам Герман Геринг возлагал большие надежды. На самолёте установили девять пушек, а дополнительные баки для горючего увеличивали дальность полёта более чем в два раза. Поднимали в воздух новое детище немецкого авиастроения четыре мощных мотора БМВ-801.

— Опробуйте машину в воздухе и доложите лично фюреру, — сказал пилоту Геринг. — Он ждёт добрых вестей.

В январе и начале февраля 1945 года на засекреченном аэродроме неподалёку от Мюнхена личный пилот фюрера Ганс Баур неоднократно проводил лётные испытания нового Ю-290 и совершал на нём тренировочные полёты. Новая машина существовала в единственном экземпляре, а две остальные находились в стадии доработки. Баур дал довольно высокую оценку боевым и лётным качествам нового самолёта.

В тот период войны англо-американская авиация, базировавшаяся на Британских островах, постоянно проводила жесточайшие бомбардировки Германии — американские «летающие крепости» изобрели специальный строй, который назвали «ящиком», и даже близко не подпускали к нему немецкие истребители. А потом, совершенно не целясь, сбрасывали многотонные бомбовые грузы на города Германии, превращая всё внизу в выжженную землю. Видимо, именно тогда и родилась тактика знаменитого по Вьетнаму «коврового бомбометания».

В марте 1945 года состоялся грандиозный налёт союзной авиации на Мюнхен. По воспоминаниям очевидцев, на земле творился сущий ад. Баур уцелел, ему опять повезло, но готовый к полётам новый Ю-290 бомбы союзников уничтожили прямо на взлётно-посадочной полосе. Испытания пришлось прервать. Ганс помогал в переоборудовании и доводке остальных двух самолётов этой серии.