Дальнейшая судьба шефа гестапо остаётся тайной. Позднее некоторые немецкие офицеры, вернувшиеся в Германию из советского плена, официально заявляли, что Мюллер, якобы, находился в Москве, и они его там видели. Напомним, что Вальтер Шелленберг утверждал: Мюллер вошёл в тесные контакты с советской разведкой в период работы по делу «Красной капеллы». Однако так ли это, и действительно ли Мюллер скончался в Москве в 1948 году, документально подтвердить пока невозможно.

Столь же таинственная фигура, как и Мартин Борман, бывший шеф гестапо Генрих Мюллер своим исчезновением породил множество домыслов, совершенно противоречивых слухов и версий. По данным ряда некоторых независимых западных исследователей, Мюллер, возможно, бежал вместе с Мартином Борманом. Или позднее перебрался к нему из Европы в Южную Америку. Есть свидетельства, что их, якобы, видели вместе через несколько лет после войны в Чили, в Сантьяго.

Аналогичные сведения неоднократно поступали из Бразилии и Аргентины, где, как известно, у нацистов имелись весьма крепкие позиции в политическом руководстве страны и в финансовых кругах.

Ряд других исследователей твёрдо придерживается мнения, что Генрих Мюллер был убит в период уличных боёв в Берлине, когда пытался пробраться из бункера и покинуть правительственный район столицы рейха. Надо полагать, шеф тайной полиции наверняка имел запасной вариант и место, где мог спокойно отсидеться. Однако в кромешном аде его настигла шальная пуля или осколок, а затем тело захоронили как неопознанное. Вне сомнений, шеф гестапо переоделся и поэтому вряд ли кто обратил внимание на труп рядового немца — убитых и так было слишком много. В любом случае, с 1973 года бывший начальник IV управления РСХА Генрих Мюллер числился в списке разыскиваемых наиболее важных нацистских преступников.

Советские официальные источники упорно придерживаются версии, что Генрих Мюллер погиб в 1945 году и не подтверждают, что он являлся агентом советской разведки.

Очень любопытную версию выдвинул американский исследователь Грегори Дуглас — в конце XX века он заявил, что генерал-лейтенанту СС Генриху Мюллеру удалось бежать в Швейцарию, где он несколько лет жил под чужим именем. После этого, через некоторых людей Гелена, произошёл его контакт с американскими спецслужбами и в результате Мюллер начал активно работать на ЦРУ, перебравшись из Европы за океан. Умер он, якобы, в 1982 году в Калифорнии.

Как же Мюллеру удалось скрыться? Если верить Дугласу, то сам Мюллер сообщил американцам, что начал тщательно готовить побег ещё в 1944 году. Он подобрал себе пилота, который являлся офицером службы безопасности и одновременно числился в военно-воздушных войсках и имел большой опыт управления всеми типами самолётов.

Для осуществления плана Мюллер присмотрел двухместный «Шторьх», стоявший в резерве авиапарка рейхсфюрера СС. Кстати, пилот прекрасно владел швейцарским диалектом. Документы себе и ему Мюллер заготовил заранее. В Швейцарии приобрели на подставное имя домик, а в нужном месте в горах спрятали мотоцикл. Кроме того, Мюллер имел хороший контакт с людьми из местных спецслужб.

Якобы, 29 апреля Мюллер сумел незаметно выскользнуть из бункера. Он заранее переоделся в форму майора люфтваффе. Пилот уже ждал. На самолёте были установлены дополнительные баки с горючим. Бои шли на южном берегу Шпрее и вокруг здания рейхстага. Взлетали с дороги около Тиргартена, поздно вечером, уже в темноте. На малой высоте, опасаясь встречи с русскими истребителями, взяли курс на Зальцбург. Беглецам повезло, и они достигли Швейцарии. Через границу перешли, вернее, переехали, спускаясь с горы по тропе контрабандистов на мотоцикле. Переодевшись в гражданское, они отправились на автомобиле к Боденскому озеру.

Но ручаться за достоверность таких сведений Дугласа, конечно же, нельзя. Даже учитывая обстановку полной неразберихи и поистине уникальные возможности и средства, которыми располагали главари Третьего рейха.