Этому вопросу придавалось столь большое значение, что 7 и 12 апреля П. К. Сопруненко от имени В. Н. Меркулова вновь потребовал от начальников трёх спецлагерей представлять Зарубину, Миронову и Холичеву на просмотр списки-предписания и оставлять в лагерях «их людей» (см. №№ 32, 39).

Дела остальных 97 % военнопленных, по всей видимости, проходили следующим образом: из лагерей в УПВ поступали учётные дела и справки-заключения с незаполненной последней графой, а также списки следственных дел по порядку их номеров, которые сосредотачивались в 1-м спецотделе НКВД СССР. В Управлении справки и учётные дела проверяли и в случае недочётов отправляли на доработку в лагерь. УПВ требовало уточнить фамилии, которые по-разному писались в опросных листах и дополнениях к ним, прислать фотографии, если они отсутствовали в деле, уточнить даты рождения, имя, отчество, должности, которые военнопленные занимали в армии или полиции, место жительства и состав семьи, партийную принадлежность и т. д. (см. № 68).

Если все бумаги были в порядке, в УПВ готовили дело на доклад В. Н. Меркулову, записав рекомендацию в справку «кобуловской» формы. Затем дело передавалось в 1-й спецотдел, где их изучали под руководством заместителя начальника этого отдела капитана госбезопасности А. Я. Герцовского. В НКВД УССР и БССР дела намеченных к расстрелу готовили начальники тюремных отделов, над списками работали заместители начальников 1-х спецотделов республиканских НКВД.

Часть досье ставилась на контроль, решение по ним принимал лично В. Н. Меркулов. Они на «Комиссию» не передавались. Остальные фамилии включались в списки подлежавших расстрелу, которые передавались на утверждение «Комиссии», то есть «тройки» в составе В. Н. Меркулова, Б. З. Кобулова и Л. Ф. Баштакова. После утверждения списка фигурировавшие в нём военнопленные или заключённые считались осужденными к высшей мере наказания — расстрелу. Решения «Комиссии» оформлялись специальными протоколами (см. № 227). После этого списки-предписания на отправку, подписанные начальником УПВ или его заместителем, направлялись в Козельский, Старобельский и Осташковский лагеря; предписания о расстреле, подписанные Меркуловым, — начальникам УНКВД Смоленской, Харьковской и Калининской областей, а также наркомам внутренних дел УССР и БССР.

Первые три списка-предписания на отправку из Осташковского лагеря были подписаны П. К. Сопруненко ещё 1 апреля и включали 343 человека (см. № 19). Именно столько людей были отправлены поездом Осташков-Калинин (см. № 24) и приняты от конвоя помощником начальника УНКВД по Калининской области Т. Ф. Качиным (см. № 25). А 5 апреля Д. С. Токарев доложил В. Н. Меркулову: «Первому наряду исполнено № 343» (см. № 26). Это означало, что отправленные из Осташковского лагеря 343 военнопленных 5 апреля были расстреляны.

1-2 апреля были подписаны и семь списков на отправку 692 офицеров в распоряжение начальника УНКВД по Смоленской области. Эти списки поступили в Козельский лагерь 3 апреля. Первые 74 человека были отправлены в распоряжение Смоленского УНКВД в тот же день, следующие 323 — 4 апреля, 285 — 5 апреля (см. № 79). Из Старобельского лагеря по шести спискам от 3 апреля были отправлены в Харьков 195 человек — 5 апреля, 200 — 6 апреля и 195 — 7 апреля (см. № 81).

20-22 апреля были подписаны первые списки на расстрел 1070 заключённых украинских тюрем, 23–26 апреля — списки № 047, 048 и 049 на расстрел заключённых, сосредоточенных в минской тюрьме. Белорусские списки расстрелянных узников тюрем до сих пор не найдены. Крайне скудны и другие материалы, касающиеся проведения расстрельной операции на Украине и в Белоруссии.

9 апреля было подписано 13 списков на 1297 военнопленных. Мог ли орган внесудебной расправы рассмотреть за один день по существу почти 1300 дел? Ответ очевиден — это физически невозможно.