Как и в лагерях военнопленных, в республиканских органах НКВД усиленно занимались подготовкой следственных дел и справок на заключённых. Начальники тюремных отделов составляли справки на заключённых, вносили уточнения в следственные дела и передавали их в 1-е спецотделы республиканских НКВД. Там заполнялась последняя графа справки — заключение. По мере готовности дел и справок они пересылались в 1-й спецотдел НКВД СССР, где и готовились списки-предписания на расстрел, которые затем штамповались «тройкой», или, как она называлась во внутренней переписке органов НКВД, Комиссией.

В ходе операции контингент заключённых тюрем продолжал пополняться. 4 апреля Л. П. Берия приказал И. А. Серову и Л. Ф. Цанаве арестовать в западных областях Украины и Белоруссии всех проводящих контрреволюционную работу унтер-офицеров бывшей польской армии, которые играли руководящую роль в подпольном движении. Остальных унтер-офицеров следовало взять на оперативный учёт, обеспечив агентурным наблюдением за ними (см. № 22). В Киев и Минск свозились и заключённые — в недавнем прошлом граждане Польши, находившиеся в тюрьмах других регионов страны. Их также ждал расстрел (см. №№ 33, 83).

Распоряжения приступить к операции поступили в Старобельский, Козельский и Осташковский лагеря в последних числах марта — 1 апреля. 28 марта П. К. Сопруненко отправил А. Г. Бережкову и М. М. Киршину телеграмму-молнию с распоряжением выехать в Ворошиловград и связаться с ним по ВЧ. Начальнику же Козельского лагеря В. Н. Королеву он приказал связаться с ним по телефону ночью 1 апреля.

К этому времени в трёх спецлагерях находились 14 857 человек, подавляющему большинству из которых был уготован расстрел (см. №№ 10, 34). Среди них — генералы, полковники, подполковники, майоры, капитаны, офицеры в других званиях, полицейские, пограничники, тюремные работники, а также ксендзы, помещики, крупные государственные чиновники и даже один лакей бывшего президента Польши… В процессе операции туда свозили всё новых и новых выявленных в трудовых лагерях офицеров, полицейских, осадников, а также тех из них, кто находился в больницах и госпиталях (см. №№ 16, 38, 41, 48, 52, 77). Расстрелу подлежали и те, кого в конце февраля — первых числах марта отправили в УНКВД трёх областей по директиве В. Н. Меркулова от 22 февраля 1940 г. (см. №№ 79, 80, 81).

Первые списки на отправку военнопленных из лагерей в распоряжение УНКВД (то есть на расстрел) начали поступать в Козельский, Старобельский и Осташковский лагеря 3–5 апреля, в тюрьмы — 20–23 апреля (см. №№ 19, 20). Список, как правило, содержал около ста фамилий. В каждом таком списке, подписанном П. К. Сопруненко, а в период его отъезда из Москвы с 14 по 29 апреля его заместителем И. И. Хохловым, содержалось предписание начальнику лагеря немедленно направить указанных в списке лиц в Смоленск, Харьков или Калинин в распоряжение начальника УНКВД. Аналогичные списки, но уже подписанные заместителем наркома внутренних дел В. Н. Меркуловым и адресованные начальникам УНКВД трёх областей, до нас не дошли, однако об их существовании свидетельствует ряд документов (см., в частности, № 63). Эти списки, адресованные Е. И. Куприянову, П. Е. Сафонову и Д. С. Токареву, содержали предписание о расстреле. Списки заключённых тюрем, приговоренных «тройкой» к расстрелу, направлялись наркомам внутренних дел УССР и БССР.

В расстрельные списки-предписания были включены 97 % всех офицеров, полицейских и других военнопленных, содержавшихся в Старобельском, Козельском и Осташковском лагерях. Среди них были кадровые военные, резервисты и престарелые отставники; члены политических партий и абсолютно аполитичные люди; поляки и евреи, белорусы и украинцы. Врачей, исполнявших в армии свой гуманитарный долг, обрекали на расстрел наравне с жандармами и контрразведчиками.