9 апреля было подписано 13 списков на 1297 военнопленных. Мог ли орган внесудебной расправы рассмотреть за один день по существу почти 1300 дел? Ответ очевиден — это физически невозможно. Да этого и не требовалось: в задачу «тройки» входило лишь утвердить списки, как это делало и Особое совещание НКВД СССР.

18 апреля А. Я. Герцовский сообщил в УПВ, что дела 273 военнопленных не будут рассматриваться, а сами военнопленные подлежат переводу в Юхновский лагерь. Не рассматривались Комиссией и те дела, которые после поступления новых запросов со стороны ИНО, НКИД и др. дополнительно ставились на контроль (см. № 30, 31). В этом случае дела изымались из общей пачки подготовленных для отправки в 1-й спецотдел дел. Когда же дело ушло в 1-й спецотдел — вынималось из пачки, подготовленной для включения в расстрельные списки. Если же военнопленный был передан «на распоряжение УНКВД», сделать было уже ничего нельзя. Зачастую запросы германского посольства или литовской миссии поступали тогда, когда человека уже расстреляли.

Были и уникальные случаи, когда людей возвращали с этапа. Наиболее известный из них произошёл с профессором Виленского университета, специалистом по экономике Германии и СССР Станиславом Свяневичем. Его включили в этап, отправляемый из Козельского лагеря 29 апреля, доставили вместе с другими на станцию Гнездово, что в 1,5 км от Катынского леса. После остановки поезда профессора увели в пустой вагон, где он мог через щель наблюдать за выгрузкой военнопленных и отправкой их в сторону леса в автобусах с закрашенными окнами. По завершении разгрузки вагонов С. Свяневича доставили во внутреннюю тюрьму Смоленского УНКВД и сразу после майских праздников отправили в Москву на Лубянку. Распоряжения о его задержании и последующем переводе в Москву в ведение 2-го отдела ГУГБ были отданы 27 апреля Меркуловым, 28 апреля — Берией (см. №№ 64, 65).

Были и другие случаи, когда лица, осужденные «тройкой» и включённые в предписания на отправку в распоряжение начальника УНКВД, задерживались и отправлялись в Юхновский лагерь (см. №№ 47, 79, 80, 81). Таким образом, военнопленным сохранялась жизнь не по решению Комиссии, а по указанию Меркулова, как правило, согласованному с Берией. Одновременно по мере изучения оперативных материалов часть из стоявших на контроле дел снималась с него и передавалась на рассмотрение Комиссии (см. №№ 44, 59).

УПВ потребовало от начальников лагерей докладывать о количестве отправленных в УНКВД и находившихся в Козельске, Старобельске и Осташкове военнопленных (см. № 35, 45). 15 апреля И. И. Хохлов отдал распоряжение В. Н. Королёву и А. Г. Бережкову незамедлительно выслать в Управление оставшиеся у них дела со справками; 22 апреля — срочно доставить дела и справки на находившихся в больницах и госпиталях военнопленных.

К этому времени операция уже вступила в завершающую стадию: большая часть «контингента» была направлена на расстрел. Подводя первые её итоги, УПВ информировало руководство НКВД СССР о прохождении дел. Сообщалось, что на 3 мая лагерям были направлены предписания на 13 682 человека. В 1-м спецотделе находилось 154 дела, готовившихся на Комиссию, на контроле стояло 609 дел, на исправление в лагеря отправлено 29 дел, в Юхновский лагерь перевели 200 человек, в работе находилось 49 дел, подготовлены для доклада Меркулову — 185. Всего прошло дел на 14 908 человек (см. № 68). Чтобы уточнить, не упустили ли они кого-то из виду, 5 мая Сопруненко распорядился сообщить, сколько военнопленных и кто именно ещё находится в лагере (см. №№ 70, 71).

Администрация Козельского, Старобельского и Осташковского лагерей старалась выполнить каждое требование Москвы и в свою очередь обращалась туда за разъяснениями возникавших в ходе операции вопросов. Так, П. Ф. Борисовец доложил в УПВ, что в Осташковском лагере содержится полицейский Ф. Мастоляж вместе с 8-летним сыном, который временно помещён в Осташковский детдом.