Все это, по-видимому, рассказали Щетинкину кавалеристы 35-го полка, которые наткнулись на его партизан и вынуждены были передать им свой трофей, едва ли сделав это добровольно. После «краткого опроса» Щетинкин под конвоем из двадцати человек отправил пленника в штаб 104-й бригады с приказом «в случае попытки со стороны бандитов произвести нападение и отбить Унгерна расстрелять последнего в голову».

Тех, кто потом его допрашивал, очень интересовало, почему он не покончил с собой. Унгерн отвечал, что пытался сделать это дважды. Первый раз — в «момент пленения», когда люди Сундуй-гуна бросились на него и свалили с коня на землю. Он тогда успел сунуть руку в карман, где всегда лежала ампула с цианистым калием, но она куда-то пропала — очевидно, «была вытряхнута денщиком, пришивавшим к халату пуговицы». Позднее, уже со связанными руками, он каким-то образом хотел удавиться конским поводом и тоже неудачно, повод оказался «слишком широким». В результате произошло то, чего Унгерн боялся больше всего: он не погиб в бою, как «18 поколений его предков», а достался врагу живым.

Иван Павлуновский, полномочный представитель ВЧК по Сибири, хвастал, что поимка барона — его личная заслуга, он якобы все спланировал и организовал через своих агентов, но вряд ли ему можно верить. Это была скорее случайность, хотя советская пропаганда постаралась представить ее как подвиг красных бойцов. Обстоятельства, при которых Унгерн попал в плен, не афишировались, в сибирских газетах появились сообщения, будто вместе с бароном захвачен весь его штаб, 900 всадников и три боевых знамени.

На следующий день Азиатская дивизия подошла к Селенге и начала переправляться на другой берег. Красные пытались помешать переправе, но попали в ловушку в узком ущелье и отступили под огнем артиллерии и пулеметов с вершин соседних сопок. Правда, с бригадой Резухина соединиться не удалось, она форсировала Селенгу ниже по течению и сразу взяла курс на Хайлар. Те части, которыми до переворота командовал Унгерн, избрали другой, более длинный, зато менее опасный обходной маршрут — сбивая с толку преследователей, они направились в сторону Урги, чтобы обойти ее с юга, а уже затем повернуть на восток. Это был тот путь, по которому почти полгода назад пытались уйти в Китай остатки войск Чу Лицзяна, Го Сунлина и Ма.

Тем временем Унгерна из 104-й бригады передали в штаб 35-й дивизии, а оттуда пароходом по Селенге отправили в Троицкосавск. Перед начальником конвоя, комбатом Перцевым, стояла задача не допустить самоубийства пленника. «При движении парохода, — предписывалось в полученной им инструкции, — не давать возможности прогулки барона по палубе, как верхней, так и нижней. Ни в коем случае не впускать барона одного в ватерклозет и уборную, а приставлять к нему в это время кроме часового, стоящего у дверей, еще невооруженного красноармейца». Когда возле Усть-Кяхты пароход из-за мелководья не мог причалить к пристани, Перцев сам на закорках перенес связанного Унгерна на берег. При этом будто бы сказана была «историческая» фраза: «Последний раз, барон, сидишь ты на рабочей шее».

В Троицкосавске располагался штаб экспедиционного корпуса. Здесь Унгерна дважды допросили уже официально, с протоколом. На допросах присутствовали комкор Гайлит, его предшественник на этой должности Нейман, наштакор Черемисинов, начальник политуправления Берман и представитель Коминтерна при Монгольском правительстве Борисов. Вначале Унгерн отказался отвечать на какие бы то ни было вопросы, но на следующий день передумал. Методы, которые использовал он сам, чтобы заставить пленных говорить, к нему не применялись; более того — конвойным приказывалось «не допускать в его присутствии колкостей и грубостей, направляемых по адресу пленного». С ним обращались подчеркнуто вежливо, со своеобразным уважением, что, видимо, произвело на него впечатление.