За три с половиной года Гражданской войны в Сибири красным не удалось пленить ни одного белого генерала. Колчака выдали чехи, Зиневич в Красноярске сам отказался воевать. На Южном фронте наблюдалась та же картина: все крупные военные деятели Белого движения погибли или ушли в эмиграцию. В Екатеринодаре на всеобщее обозрение сумели выставить лишь выкопанное из могилы тело Лавра Корнилова, публично сожженное затем на костре из железнодорожных шпал. Унгерн стал первым пленником с генеральскими погонами, захваченным в боевой обстановке, поэтому со второй половиной поступившего от Смирнова предложения дело сладилось не сразу. Нашлись люди (Дзержинский в том числе), решившие, что для вящего пропагандистского эффекта суд должен пройти в Москве. Реввоенсовет РСФСР распорядился доставить барона в столицу, но сибирские деятели упорно продолжали добиваться разрешения судить его в своей вотчине. Аргументация была следующая: судебный процесс в Новониколаевске «будет иметь большое общественное значение, в отличие от Москвы, где Унгерна знают немногие лишь по газетным сообщениям и где суд пройдет незаметно». По этой логике процесс следовало устроить в Чите, Верхнеудинске или хотя бы в Иркутске, поскольку в Новониколаевске, за тысячи верст от Забайкалья, об Унгерне тоже знали исключительно по газетам, но для местной партийной и чекистской верхушки тут был вопрос престижа. В итоге просьбу удовлетворили, для чего понадобился еще один телефонный опрос членов политбюро.

В ночь на 7 сентября Унгерна привезли в Новониколаевск, ставший официальной столицей Сибири вместо опального Омска, исполнявшего эту роль при Колчаке. Последние восемь дней жизни он провел не в подвалах здешней ЧК и не в тюрьме, а в отдельном доме, где кроме него и караула никого не было. За все эти дни его допросили только один раз, следствие использовало материалы предыдущих допросов. Чтобы, согласно указанию Ленина, закончить дело «с максимальной скоростью», предполагалось единственное судебное заседание. Свидетелей решили не приглашать, так как подсудимый не скрывал своих преступлений. Его признаний с избытком хватало для заранее известного приговора.

Пока местные чекисты во главе с Павлуновским готовили обвинение, был сформирован состав Чрезвычайного трибунала. Председателем стал старый большевик Опарин, начальник Сибирского отделения Верховного трибунала при ВЦИКе, членами — профсоюзный деятель Кудрявцев, новониколаевский военком Габишев, некто Гуляев и, наконец, легендарный партизанский вожак Александр Кравченко, агроном и крестьянский утопист, создатель эфемерных таежных республик, основанных на началах мужицкой «правды», как Беловодское царство. Защитником назначили бывшего присяжного поверенного Боголюбова, а общественным обвинителем — секретаря ЦК РКП(б) Емельяна Ярославского (Губельмана), незадолго перед тем переведенного в Москву из Омска. С учетом того, что он — сибиряк, его прислали для «усиления» суда, в порядке компромисса между провинцией и центром, уступившим по вопросу о месте проведения процесса, но намеренном придать столичный блеск предстоящему спектаклю. Ярославский должен был сыграть в нем важнейшую роль, и выбор не случайно пал на этого человека.

Уроженец Забайкалья, что в данном случае тоже было немаловажно, в 43 года партиец с громадным стажем, уходящим, по тогдашним понятиям, во времена доисторические, говорун, журналист, публицист, умевший свою эмоциональную подвижность принимать и выдавать за страсть, он, похоже, с радостью согласился выступить обвинителем, а то и сам выпросил эту почетную роль.