Факты заставляют признать, что наряду с городскими низами и купечеством против правительства с оружием в руках выступали дворяне. Именно они подали сигнал к восстанию, вспыхнувшему сразу после смерти Грозного. Молодой сын боярский, повествует летописец, проскакал тогда по столичным улицам, вопя во весь голос «в народе, что бояр Годуновы побивают». Когда сбежавшаяся отовсюду толпа осадила Кремль, рассказывает другой летописец, «дети боярские многие на конех из луков на город стреляли». В мятеже участвовали «ратные московские люди», пришедшие «с великою силою и со оружием к городу». Среди мятежников оказались не только рядовые служилые люди, но и знатные земские дворяне из провинции. В ходе расследования выяснилось, что «заводчиками» мятежа были «большие» рязанские дворяне Ляпуновы (из этой семьи вышли знаменитые деятели Смуты) и Кикины, а также «иных городов дети боярские».

После выступления посада и вооруженных дворян противиться боярское правительство уже не могло. 20 июля 1584 г. дума утвердила закон об отмене податных привилегий крупных землевладельцев, так называемых тарханов. Князья церкви и крупные землевладельцы лишались льгот и должны были платить подати наравне со всеми землевладельцами. Правительство старалось таким путем ослабить экономический кризис и завоевать симпатии разоренного мелкого дворянства. Издавая закон об отмене податных привилегий светской и духовной знати, власти особо подчеркивали, что вводят эту меру на неопределенное время «для воинского чину оскудения», «покаместа земля поустроитца и помочь во всем учинитца царским осмотрением». Политика более равномерного обложения отвечала интересам оскудевшего «воинского чина». Но наибольшие выгоды из этой политики извлекло все же не дворянство, их извлекла казна.

Покушение на боярские привилегии вызвало негодование знати. Борьба в думе приобрела драматический характер. Ненадолго до обсуждения там вопроса о тарханах польский посол писал из Москвы, что разногласиям и постоянным междоусобиям у московитов нет конца: «…Вот и сегодня я слышал, что между ними возникли большие споры, которые едва ли не вылились во взаимное убийство и пролитие крови». Власти ждали нового мятежа. Опасность усилилась с наступлением весны 1584 г., когда в Москве участились пожары. По словам очевидцев, царскую столицу наводнили разбойники, повинные в поджогах. Летом московские власти в страхе перед народом фактически перевели город на осадное положение. В Кремле вооруженными патрулями командовал князь Иван Туренин, родня Годуновых. На окраинах распоряжался воевода Иван Крюк-Колычев, приверженец Шуйских.

Царь Иван не слишком удачно выбрал опекунов для сына. При жизни он умел добиться от них послушания. Устранение Бельского не погасило распрей внутри опекунского совета. Польские послы писали из Москвы, что московские правители очень часто препираются в присутствии Федора без всякого уважения к нему. Разногласия внутри боярского правительства вспыхнули с новой силой после того, как оно лишилось самого авторитетного из своих руководителей. Никиту Романова хватил удар, надолго приковавший его к постели. Партия Мстиславского и Шуйского смогла значительно усилить свои позиции.

Соперничавшие группировки не столковались ни по внутренним, ни по внешним вопросам. Объектом их острого политического соперничества стало центральное финансовое ведомство — Казенный приказ.

Обычно царской казной ведали два лица, контролировавшие друг друга. Опираясь на поддержку бояр, главный казначей Петр Головин добился того, что вторым казначеем был назначен его родственник Владимир Головин. Более века Головины из поколения в поколение служили главными финансистами при московских государях. Но никогда они не распоряжались государственной казной так бесконтрольно, как при Федоре.