Благодаря своим личным качествам Петр Головин стал одним из подлинных вождей Боярской думы. Человек большой храбрости, он не побоялся бросить вызов Богдану Бельскому и добился отставки могущественного временщика. Боярское руководство оценило его заслуги. При коронации Федора он нес перед царем шапку Мономаха. Располагая поддержкой регентов Мстиславского и Шуйского, главный казначей открыто добивался изгнания бывших опричников из правительства. С Годуновым он обращался дерзко и неуважительно. Семья Головиных обладала большими местническими преимуществами перед родом Годуновых. Выиграв местнический спор с Бельским, знатный казначей лишь ждал случая, чтобы посчитаться с его свояком. Интрига боярской партии встревожила Бориса, и он решил нанести упреждающий удар. По его настоянию дума постановила провести ревизию казны. Проверка наличности обнаружила столь большие хищения, что боярский суд вынужден был приговорить Головина к смерти.

Борис имел возможность физически уничтожить своего врага, но он понимал, что кровавая расправа не принесет ему популярности. В конце концов Годунов удовольствовался церемонией казни. Осужденного возвели на Лобное место и передали в руки палача, который сорвал с жертвы одежду и занес топор над головой. Казнь была отменена в самый последний момент. Головину объявили помилование и сослали в Казанский край. Стеречь опального поручили Ивану Воейкову, бывшему опричнику и любимцу Бориса. (Когда в тюрьме казначей умер, распространились слухи, будто его тайно умертвили по приказу правителя.)

Второго казначея, Владимира Головина, изгнали со службы, лишили чинов и имущества и отправили в ссылку. Брат Петра, Михаил Головин, бежал в Польшу. Годунов добился того, что главою Казенного приказа стал бывший опричник Деменша Черемисинов.

Суд над Головиными ослабил боярскую партию, чем немедленно воспользовались сторонники партии Романова. Раздор между Никитой Романовым и Мстиславским привлек общее внимание. Став преемником заболевшего Романова, Годунов повел борьбу с Мстиславским с удвоенной энергией. Столкновение завершилось отставкой самого знатного из членов регентского совета.

В былые времена Грозный неоднократно принуждал главу земщины Мстиславского к публичным покаяниям. Мстиславский признал себя виновным в том, что татары сожгли дотла русскую столицу, а царские полки потерпели поражение в войне с Баторием. При Федоре на голову Мстиславского посыпались новые обвинения. В Москве был пущен слух, будто регент хотел заманить Годунова к себе в дом и убить во время пира. Борис получил удобный повод затеять грандиозный процесс. Но он постарался избежать ненужного шума и убедил престарелого регента добровольно уйти на покой.

Нам удалось найти монастырскую запись — красноречивое свидетельство пострижения старшего опекуна. «Июля в 23 день (1585 г. — Р. С.) приезжал в Соловецкий монастырь помолитися князь Иван Федорович Мстиславский и дал на корм на два стола 20 рублей».

Из Соловков боярин уехал на Белоозеро, в Кириллов монастырь, и там постригся под именем старца Ионы. Как видно, регента доставили к месту заточения совсем не так, как доставляли других опальных «изменников». Ему позволили по дороге совершить паломничество в Соловецкий монастырь. Согласие Мстиславского на добровольное изгнание избавило от опалы членов его семьи. Сын регента унаследовал от отца удельное княжество и пост главы Боярской думы.

Отставке Мстиславского предшествовала сложная закулисная борьба, в которой едва ли не решающую роль сыграл главный дьяк думы Андрей Щелкалов. Писатель Смутного времени Иван Тимофеев называл Щелкалова наставником Бориса, научившим его одолевать благородных. Тимофеев служил под началом Щелкалова и знал больше других. Глава приказной бюрократии в самом деле помог Годунову выдержать столкновение с Мстиславским.