Среди знати Федор не пользовался популярностью. Его не боялись и не уважали. Русские на своем языке называют его дураком, говорил о Федоре шведский король.

События, происшедшие в Москве после смерти Грозного, показали, что опричнина лишь ослабила влияние боярской аристократии, но не сломила ее могущества. При безвольном и ничтожном преемнике Грозного звать вновь подняла голову. Как только с политического горизонта исчезла зловещая фигура Бельского, бояре окончательно перестали скрывать свои подлинные чувства по поводу смерти царя Ивана. Наблюдатель тонкий и вдумчивый, дьяк Иван Тимофеев очень точно передал атмосферу, воцарившуюся в Кремле в начале правления Федора. «Бояре, — писал он, — долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле; как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после царя сыном Федором, считали, как будто и нет его…».

К концу жизни Грозного в его думе осталось не слишком много бояр. Их основательно потеснили неродовитые любимцы царя. При Федоре знать ринулась туда толпой.

Численность боярской курии почти сразу удвоилась. Зато курия думных дворян оказалась фактически разогнанной. Афанасий Нагой и Богдан Бельский отправились в ссылку, Михаил Безнин — в монастырь, Василий Зюзин и Баим Воейков лишились думных чинов.

Московские события едва не увлекли в пропасть и Годуновых. Восставший народ требовал их удаления из столицы. Борису пришлось познать унижение. Однако он не только уцелел, но и использовал новую ситуацию, чтобы преодолеть еще один крутой подъем на пути к власти. В дни коронации Федор возвел шурина в чин конюшего.

Некогда царь Иван упразднил этот чин, казнив последнего конюшего. Боярские правители восстановили должность, которую издавна занимали представители нескольких знатнейших фамилий. Вопрос о назначении нового конюшего вызвал острую борьбу в верхах. Борису недоставало знатности, чтобы занять высокий пост. Но в конечном счете чином конюшего распоряжались те, кто реально возглавлял правительство. Назначение на пост конюшего, проведенное вопреки ясно выраженной воле Грозного, ввело Годунова в круг правителей государства.

Успех Бориса нельзя объяснить одним лишь родством с царской семьей. В неустойчивой обстановке первых дней царствования влияние Федора на дела управления было ничтожным. 32-летнему Борису помогла прежде всего его политическая изворотливость. Годунов поспешил отвернуться от покровителя, сподвижника и свояка Бельского, как только понял, что дело того проиграно. Более важное значение имело для него покровительство земских бояр.

Ко времени коронации наибольшую силу обрел круг лиц, осуществлявших при Грозном управление земщиной. Во главе его стояли дядя царя, регент Никита Романов, и дьяк Андрей Щелкалов. Английский посол Иероним Боус называл их самыми влиятельными в Москве людьми. Однако власть боярского правительства казалась непрочной. Достигший преклонного возраста Романов тяжело болел, и никто не сомневался в его близкой кончине.

Писатели Смутного времени утверждали, будто Романов, пораженный недугом, сам искал дружбы Годунова и вверил ему своих совсем еще молодых сыновей. Очевидец тех событий троицкий монах Авраамий Палицын свидетельствовал, что Годунов обещал регенту «соблюсти» его семью. Автор «Сказания о Филарете Романове», использовавший семейные предания Романовых, авторитетно подтвердил его слова. Согласно «Сказанию», Борис проявлял любовь к детям Романова и дал страшную клятву, что всегда будет почитать их за братьев.