Горский был убежден, что церковная история, как наука, подлежит общим законам вообще исторической истины. Истина у церковного историка не есть какая-нибудь условная, которая, будучи рассматриваема с какой-нибудь иной точки зрения, оказывалась бы вещью сомнительною. Истина церковно-историческая есть истина безотносительная. Это потому, что церковный историк добывает ее, руководясь теми же способами, какими приобретается всякая историческая истина. Горский заявлял пред своими слушателями: «нет нужды говорить, что церковная история подлежит общим законам всякого исторического произведения, что она, напр., должна пользоваться источниками только достоверными»… Церковную историю Горский понимал не как сборник фактов, мертвых и сухих, но как науку, указывающую идею церковно-исторической жизни, смотрел на факты, как на внешние показатели внутренних отношений и явлений. Горский говорил, что церковная история не должна «собирать только факты, но проникать во внутреннюю между ними связь, извлекать идеи факта из самого факта». Такова должна быть, по сознанию нашего историка, церковная история вообще, таковой же она должна быть и тогда, она обзирает частные группы явлений однородного содержания. Вот слова Горского: «в каждом отделении, содержащем в себе часть церковной жизни в известную эпоху, все данные должны быть раскрываемы во внутренней их связи между собой, так, чтобы целое по возможности представляло из себя одно живое органическое развитие начал, внутри обозреваемой части жизни церковной находившихся, а не простое собрание фактов, никакой другой связи между собой не имеющих, кроме однообразности». В этих словах высказывается пред нами Горский, как глубокий историк, понимающий историю серьезным образом. История церковная должна знакомить не с фактами церковно-историческими, а жизнью церковно-исторической. Зачем приводить факт, если он стоит одиноко, ничего не объясняет в общем течении жизни, если его можно рассказать, но нельзя им ничего объяснить?

Как историк церкви, Горский отличался самым возвышенным взглядом на свой предмет, взирал на него с религиозным одушевлением. В одной из своих вступительных лекций, сравнивая историю мысли человеческой, поскольку она проявляется в философии, и историю культуры человеческой, направляющейся к всестороннему облагорожению людей и, находя, что и в этих областях, если мы отвлечемся от частностей, проявлений зла и начал, не ведущих к цели усовершения человечества, нельзя не видеть обнаружения «идеи существа Бесконечного», — Горский однако же заявляет, что наиполнейшее обнаружение эта идея получает лишь в церковной истории, поскольку «церковная история представляет Бога в самом ближайшем отношении к человечеству». Кратко и характеристично Горский выражает сущность идеи истории по сравнению с историей мысли и культуры человеческой в таких словах: «здесь (т. е. в последних областях) идея существа Бесконечного является гостьею, на время, там (в первой области) её дом».

В частности главнейшие стороны церковно-исторической жизни Горский рассматривает как обнаружение христианской жизни под непосредственным действием св. Троицы; в одной группе фактов он находит обнаружение действия Бога Отца, в-другой — Бога Сына, в третьей — Духа Святаго. И с такой точки зрения он рассматривает всю церковную историю. В распространении христианства, твердости мучеников во время гонений, апологетической деятельности церкви, направленной ко вразумлению язычества, не хотевшего признать величия христианства, Горский примечал влияние Первого лица св. Троицы, Бога Отца. В одной из его вступительных лекций мы читаем: «мы должны видеть, как Бог призывал в недра Своей церкви один народ за другим, как охотно или не без сопротивления люди последуют сему влечению.