Ведя необъявленную войну с великим князем, Геронтий опирался на поддержку и сочувствие боль­шей части высшего духовенства, понимавшего, что речь идет не менее, чем о полной ликвидации поли­тического суверенитета митрополичьей кафедры.

Человек сильной воли, большого ума и беспре­дельного честолюбия, Иван III был лишен каких-либо «сдерживающих центров» по отношению к религии и церковной иерархии. Выросший в обстановке льстивого коварства и затаенной злобы, среди ослеп­лений и отравлений, сын Василия Темного был убеж­ден, что вопреки евангельскому изречению, бог не в правде, но в силе.

В борьбе со строптивым митрополитом Иван III использовал самые различные средства. В  противо­вес авторитету Геронтия он выдвигал и поддерживал неофициальных церковных лидеров — троицкого игу­мена Паисия Ярославова, ростовского архиепископа Вассиана, чудовского архимандрита Геннадия. Князь шантажировал Геронтия переговорами с представи­телями литовского православного митрополита Спиридона. Случалось, что Иван III грубо вмешивался в область церковной юрисдикции и отменял решения митрополита. Наконец, в 80-е годы тот смирился и подчинился воле государя. Именно этот, «поздний» Геронтий заслужил упрек Иосифа Волоцкого, что он «бояшеся Державного».

После кончины Геронтия Иван III долго медлил с избранием митрополита. Наконец, 26 сентября 1490 г. церковь узнала имя своего нового «архипа­стыря». Им, по воле великого князя, стал симонов­ский архимандрит Зосима Брадатый. Если верить Иосифу Волоцкому, Зосима втайне разделял взгляды новгородско-московских еретиков .

Источники рисуют Зосиму человеком крайне низ­кой нравственности. Вероятно, в этом есть большая доля враждебной тенденциозности. Однако и в дей­ствительности Зосима, по-видимому, был не более чем политической марионеткой в руках великого кня­зя Ивана III. «Государь всея Руси» возвел его на митрополию, желая ослабить традиционно высокий престиж митрополичьего сана, внести раскол в ряды воинствующих церковников.

17 мая 1494 г. Зосима оставил митрополию «не своею волею, но непомернаго пития держашесь». Удалившись в Троице-Сергиев монастырь, он еще долго бушевал там, смущая монахов, требуя оказы­вать ему митрополичьи почести.

Более чем через год после отставки Зосимы «из­волением государя великого князя Ивана Васильеви­ча всея Руси» на митрополичью кафедру был возве­ден троицкий игумен Симон, человек весьма бесцвет­ный, ставший послушным орудием в руках великого князя. Благодаря своему покладистому характеру Симон сумел без особых потрясений пробыть на мит­рополии 16 лет — до самой своей кончины 30 апреля 1511 г.

В эпоху Ивана III не только митрополиты, но и монастырские «старцы» искали свое место в новой политической системе единого русского государства. Минули безвозвратно времена, когда «великие светильники» Сергий Радонежский и Кирилл Белозерский с высоты своего духовного превосходства поуча­ли князей и бояр. Теперь лишь «старцы» Кирилло-Белозерского монастыря порой «показывали харак­тер», надеясь на заступничество удельного князя Михаила Андреевича Верейско-Белозерского, во вла­дениях которого находился монастырь. Негодуя на вмешательство «державного» в дела монастыря, они демонстративно уходили из обители. Однако Иван III конфисковал белозерские владения князя Ми­хаила Андреевича и быстро подавил кирилловскую фронду.