На Анзере Никон прожил около трех лет. За это время он успел вместе со своим наставником побы­вать в Москве. «Старец» хлопотал о постройке в ски­ту каменной церкви. Правительством царя Михаила были отпущены средства, командирован опытный строитель. Однако «старцы» Спасо-Преображенско-го монастыря сменили свое былое благоволение к Елеазару на самую ярую неприязнь. Их раздражали успехи независимого Елеазара, беспокоила популяр­ность его скита, который в перспективе мог вырасти в серьезного соперника, конкурента в борьбе за де­нежные и земельные пожалования. Соловецкие ино­ки всячески препятствовали возведению на Анзере каменного собора, притесняли самого Елеазара. В конце концов он был брошен в монастырскую тем­ницу.

Все эти события заставили Никона задуматься о будущем. Он давно уже тяготился зависимостью от проницательного и своенравного Елеазара. Не сули­ла ничего хорошего и развернувшаяся тяжба с могу­щественным Соловецким монастырем. Наконец — и это, видимо, было главным — Никон, подобно многим выдающимся деятелям древнерусского монашества, вопреки заветам смирения и послушания искал са­мостоятельности и власти хотя бы в небольшом кру­гу учеников. Его манила перспектива завести соб­ственное «дело»: стать во главе монашеской общины.

Опыт учителя, Елеазара, как, впрочем, и жизне­описания многих других «преподобных», убеждал Никона в том, что самый верный путь к достижению этой цели лежит через отшельничество, строгое уеди­нение, быстро приносящее славу «святого», а вместе с ней и почитание мирян, преклонение учеников.

Летом 1639 г. Никон покидает Анзер. Карбас, на котором он плыл, направлялся в устье Онеги. Оттуда Никон перебрался в уединенный монастырь, распо­ложенный в ста верстах к югу, на живописном бере­гу Кожозера. Единственная связь с миром — своен­равная, порожистая река Кожа, левый приток Оне­ги, была непригодна для судоходства. Лишь зимой, по льду, добирались в монастырь обозы со всякими припасами и товарами.

Иногда с обозом привозили и ссыльных: со вре­мен Бориса Годунова монастырь служил местом по­стрижения опальных бояр. В отрезанной от мира обители они чувствовали себя хозяевами; привыкнув к власти, стремились подчинить себе немногочислен­ную иноческую общину.

Две собственноручно переписанные богослужеб­ные книги, составлявшие все имущество Никона, он передал монастырю взамен вклада, который требо­вался от каждого новоприбывшего. Впрочем, Никон обосновался не в самом монастыре, а в его окрестно­стях. Он начал жизнь отшельника, ревностного по­следователя анзерского подвижника. Расчет Нико­на— если, конечно, мы правильно понимаем мотивы поступков столь противоречивой натуры — оказался верным. Спустя года два после прихода на Кожозеро он был избран игуменом лесного монастыря.

Новый игумен оказался хорошим хозяином. В го­ды его управления лесной обителью (1643—1646) ее владения расширились. Царь пожаловал монастырю весьма доходное право беспошлинной торговли солью. Монастырь, не имевший прежде даже ограды, бы­стро богатеет.

В 1646 г. Никон покинул Кожозеро и отправился в Москву хлопотать о новых льготах для своей оби­тели. Он добился приема у самого царя, 17-летнего Алексея Михайловича. Эта встреча имела неожидан­ные последствия. Царь повелел Никону остаться в Москве и вскоре определил его на очень высокую в иерархическом отношении должность игумена мос­ковского Новоспасского монастыря.

Основанный Иваном Калитой в московском Крем­ле Спасский монастырь во второй половине XV в. был выведен за черту города.